（三）撤诉的理由不明确。撤诉必须具备一定的理由和条件，撤诉的法定理由体现了对检察机关撤诉权的限制。《解释》对允许撤诉的理由未作任何规定，最高人民检察院在《规则》中将撤诉的理由限定为三类情形，但在其颁布的《撤回起诉决定书》格式文书中，将撤诉的理由则统一表述为“……因事实、证据发生变化，本院决定撤回起诉”。“事实、证据发生变化”似乎成了撤诉的第四种理由。此外，根据《规则》第348条、349条规定精神，事实不清、证据不足的案件，经延期审理后也是可以撤诉的。

　　（四）撤诉的时间规定不合理。《规则》和《解释》都规定，在人民法院宣告判决前，可以要求撤回起诉。检察机关在法院判决宣告之前均可撤诉，意味着在合议庭或审判委员会作出无罪判决之后，检察院仍可撤诉。“作出判决”与“宣告判决”是两个不同的概念和时间段。在我国的审判实践中，绝大部分案件不是当庭宣判的。合议庭评议后作出判决或审判委员会作出决定到法庭宣告判决要经过一定的期间。尤其是对事实不清、证据不足或涉及罪与非罪的案件，法院极少能当庭宣判。这就给公诉机关行使撤诉权创造了时机和条件。如果在这期间允许检察院撤诉，无形中为检察机关规避败诉风险和错案责任提供了方便，这种做法有公诉权干预审判权之嫌。

　　（五）撤诉后如何处理、处理的条件及处理的期限不明确。现行司法解释未对撤诉后的处理作出规定，导致撤诉的案件，出现各种不同的处理结果：撤案、补充侦查、不起诉或作其他处理。有的撤诉后，长期把案件“挂”起来；有的撤诉后案件又进入审查起诉阶段，进而重新计算审查起诉期限。由于对各种处理结果的条件没有规定，导致处理结果非常混乱。浙江省人民检察院公诉处《2003年—2004年全省撤回起诉案件的调查与分析》显示，公诉案件撤回起诉后，有38.6%重新起诉；32.63%撤案；15.79%补充侦查；8.42%决定相对不起诉或存疑不起诉；4.21%尚未处理。[3]据浙江省金华市检察院统计，2001－2002年间，全市提起公诉后撤回起诉的案件共有77件129人，撤回起诉后全部由公安机关撤回案件。[4]此外，对于撤诉后的处理没有特定的时限要求，一些案件撤诉后往往久拖不决。

　　（六）撤诉后重新起诉条件不严格，导致再行起诉普遍。1、重新起诉条件不严格。尽管《规则》第353条规定，撤回起诉后，没有新的事实或者新的证据不得再行起诉，《解释》第117条也规定，人民法院准许人民检察院撤诉的案件，没有新的事实、证据，人民检察院重新起诉不予受理。但对如何理解“新的证据”，当前认识不一，大多作了比较宽泛的理解。即“新的证据”既包括撤诉后经补充侦查新发现的证明原起诉认定事实的证据，也包括新发现的事实的证据。这样的“新的证据”较易获取，所以再行起诉比较普遍。2、再行起诉的次数没有限制。同一案件撤诉的次数没有限制，导致有的案件多次撤诉又多次起诉，使被告人长期处于刑事追究中。