（三）现行的财税政策不完善，在一定程度上限制了生态补偿机制的建立
例如我国现行资源税政策，计税依据是销售量或自用量，而不是开采量。客观上鼓励了企业对资源的滥采滥用，造成了资源和生态环境的破坏。
（四）征收方式不合理，补偿资金使用管理混乱，监督不严
征收基本上是采取“搭车收费”的方式，收费和使用以部门或行业为界，没有真正实现收支两条线。而其他相关行业和部门的生态环境保护投入得不到补助，在一定程度上影响了保护生态环境的积极性。
在补偿资金的使用上，尽管《
中央财政森林生态效益补偿基金管理办法》已有明确规定。但实践中没有统一规范的执行依据，资金的发放基本上是政府自身的决策行为，导致使用管理混乱，效率低下，易出现挤占挪用资金的现象。
（五）法律法规体系不健全，实施缺乏必要的法律指导原则
首先，作为综合性基本法的《
环境保护法》存在着结构性的问题，侧重于对防治污染的规定，忽视了对自然资源保护的规定。
其次，1998年7月1日新修订的《
中华人民共和国森林法》第
八条第六款中对森林生态效益补偿，原则性规定了应设立补偿基金，但其规定不够具体，可操作性差。
再者，我国相关的法律规定中，对森林生态补偿的补偿目的、范围、方针、原则、法律责任等方面未作原则性规定。导致地方政府制定的政策法规缺乏必要的统一性，对于跨区域的补偿问题解决造成很大障碍。
四、完善我国森林生态效益补偿机制的对策探析
建立森林生态效益补偿机制是我国改善生态环境的根本途径。虽然国家已制定了《
中央财政森林生态效益补偿基金管理办法》，但仍有许多问题待于进一步解决。故借鉴林业发达国家的做法和经验，完善我国森林生态效益补偿机制，是建立“生态和谐”社会的必经途径。
（一）探索“造血型”补偿机制，改进财政转移支付的结构与力度
