2.认定主体和权限不明确，造成司法权力的滥用。在司法实践中，违法所得认定的主体和权限由哪个机关行使是一个模糊不清的问题。刑法第六十四条规定：“犯罪分子违法所得的一切财物，应当予以追缴或者责令退赔；对被害人的合法财产，应当及时返还；违禁品和供犯罪所用的本人财物，应当予以没收。没收的财物和罚金，一律上缴国库，不得挪用和自行处理。”刑事诉讼法第一百四十二条第三款规定：“人民检察院决定不起诉的案件，应当同时对侦查中扣押、冻结的财物解除扣押、冻结。对被不起诉人需要给予行政处罚、行政处分或者没收其违法所得的，人民检察院应当提出检察意见，移送有关主管机关处理。”显然，法律已经赋予公安机关和人民检察院对违法所得予以追缴或者责令退赔的权力。而刑事诉讼法第一百九十八条规定：人民法院作出的判决生效以后，对被扣押、冻结的赃款赃物及其孳息，除依法返还被害人的以外，一律没收，上缴国库。根据现有法律规定不能确定公检法三机关是否都有违法所得的认定权限，以致容易产生问题。例如，在办理财产犯罪案件时，公安机关认为为挽回国家、集体或者个人的损失，没收违法所得或者展开大规模的退赃活动是合理合法的。在案件移送检察院、法院之前就将赃款赃物退还给被害人或第三人，导致案件还未审判涉案款物已被处置完毕。犯罪嫌疑人一旦被判无罪或者法院认定的违法所得数额与之不同时，国家赔偿或行政诉讼就很难避免。

　　3.“收支两条线”的变异，导致对违法所得处理的混乱。为了规范司法机关的执法活动，中央制定了“收支两条线”的政策，即收缴所得与办公、办案经费分离，国家和地方财政保障司法机关办公和办案的费用。但在实际中，由于各地经济发展不平衡，一些地方的司法机关经费困难，造成地方“以收定支”、“以收补支”，即根据司法机关上缴地方财政钱款数额确定该机关经费的数额，或者用司法机关上缴的违法所得弥补该机关经费的不足。一些地方的司法机关为了弥补基建、购置车辆装备等费用的不足，在查办案件过程中，随意扩大违法所得认定和追缴的范围，争取多上缴钱款，以便地方财政按比例或全额返还。