在政治体制方面，权责不清，权责不平衡。由于缺乏科学职能划分与职位分类，我国党政之间、行政机关上下级之间、正副职之间、不同行政机关之间职能交叉严重，导致行政人员职责不清，致使责任虚置或责任无法追究。出了问题无从确定责任人，或随便找个人充当“替罪羊”暂时平息民愤。其结果违背了行政问责制的本质和初衷，难以让受处罚的被问责人心服口服，也难以让民众信服，不能有力地促进问责制的推行。
在法律制度方面，“制度是为约束在谋求财富或本人效用最大化中个人行为而制定的一组规章、依循程序和伦理道德行为准则”。[8]我国原有的行政问责制度供给不健全且相对滞后，新的行政问责制建设还刚刚起步，缺乏整体系统的先进理念支撑。这主要体现在以下三个方面。
第一，行政问责制度有效供给不足。当前我国行政问责面临的主要问题是存在严重的制度资源稀缺，行政问责制适用的规定散见于各种政策文件中，既有党的条例，也有政府的法规；既有中央出台的，也有地方政府制定的：尚无全国统一的法律，各地标准不一。只有从国家意志的高度制定一部全国统一的行政问责制法才能从根本上保证行政问责的程序化、制度化和法制化。
第二，行政问责制度存在缺陷。我国现行行政问责的规定比较笼统、抽象，不够具体、科学，对政府及其人员追究责任的程序缺乏可操作性。例如，在问责事由的规定中，对于“重大损失”、“重大事故”，对引咎辞职中的“咎”的性质和轻重的程度，都没有统一、具体和明确的界定。甚至把日常行政管理中“机关效率低下”、“服务质量差”、“工作态度生硬”等应通过其他责任追究制度来处理的行政问题规定在行政问责之中。行政问责作为一个专门制度，应当具有严格的内涵，不应当“泛化”，其追责前提具有特殊性，应当是对法律没有规定的责任情形（法律真空）作出规定，应当是“非常”情况下时“常态”制度，不是一切公共领域的行政失责都应当通过行政问责来实现。行政问责重点应放在重大安全事故或者社会民众反映强烈的社会问题上。
第三，行政问责制度创新乏力。行政问责制度设计也需要创新，设计出科学合理、积极有效的制度。我国处于社会转型时期，由于“路径依赖”，新旧体制转轨必然会产生很大的摩擦和冲突，原有的制度设计不能有效满足现实行政生态的需要，亟需与时俱进的制度创新来保障对政府行为的规范调控。[9]我国的行政问责制毕竟才刚刚起步，与之相配套的机制并不健全，如监督机制、救济制度、考核制度、政府绩效评估机制、信息公开制度、申诉机制等等，这也必然制约了行政问责制度的创新。五、我国现行行政问责制度设计的缺陷和矛盾
我国经济和政治体制改革是一个制度变迁的过程，行政问责制度效力的有效发挥和我国责任政府目标的实现需要一系列的制度安排来保证。但是，我国目前的行政问责制度设计存在诸多缺陷和矛盾。
第一，从法的形式来看，我国问责法律体系不健全，没有统一立法。正如马怀德教授所言：“一个健全的制度体系，不是‘头疼医头、脚疼医脚’，也不是旧有的运动和‘风暴’；而是一旦面对问题，法律可以自动运转来应对，从容而有序。”“建设‘责任政府’，需要制定更为规范、更加稳定、更有可预见性的法律制度，并严格予以执行。”虽然《突发公共卫生事件应急条例》、《公务员法》和地方行政问责规章的出台和实施，使我国的行政问责摆脱了“有问责之事，无问责之法”的尴尬处境，但是，我国现有行政问责制法律规定仍然比较零散、薄弱，没有一个科学性、规范性、操作性很强的问责法律体系，没有一套统一的行政问责制度，更没有一部统一的行政问责法，存在法律制度虚化的问题。就全国行政问责制度而言，行政问责制无法覆盖全部问责客体，使得行政问责制度无法具体详尽地落实。如《中国共产党党内监督条例（试行）》和《中国共产党纪律处分条例》这两个中央文件均是针对执政党内成员及其党内领导者的，并不涉及党外成员及其领导者：《党政领导干部辞职暂行规定》中的问责针对的是党政领导干部，不包括非党政领导干部；国务院出台的《特大安全事故行政责任追究的规定》、《公共卫生突发条例》，问责的事项限定在特大安全事故和突发公共卫生事件，范围比较窄；全国人大制定通过的《行政许可法》和《中华人民共和国公务员法》不专门对行政问责作出规定，前者主要涉及行政许可中的政府责任，后者则是全面规范公务员的一个总法。
