1、行政问责缺乏统一的制度架构
从近年来全国各地实施情况看，行政问责缺乏统一的制度架构，忽视上位法对行政问责的规范效力。上位法规范对下位法的优先效力是我国社会主义法治原则的重要组成部分，是维护国家法制统一的重要保障。《宪法》第五条规定：“国家维护社会主义法制的统一和尊严。一切法律、行政法规和地方性法规都不得同宪法相抵触。”《立法法》第七十九条规定：“法律的效力高于行政法规、地方性法规、规章。“很多省市在制定当地行政问责制规范性文件时，忽视了上位法的规定。比如，行政问责中问责形式大多规定了“停职检查”，而我国《公务员法》没有对这一责任形式作出规定，《行政监察法》规定“暂停执行职务”是调查中的一项调查措施，不是责任形式。此外，许多省市规定了问责事由、责任形式以及相关程序与《行政监察法》、《公务员法》也存在不一致的情形，造成政出多门、无所适从，一定程度上可能在实践中弱化上位法的严格实施。
2、没有严格遵循我国宪法规定的责任制原则
在行政问责中，责任追究应当符合责任制原则。责任制原则是指国家机关及其工作人员行使职权、履行职权均应对其后果负责。[14]我国《宪法》规定，一切国家机关必须实行工作责任制。责任制有两种形式，即集体负责制和个人负责制。集体负责制的设定是基于公权力的性质，为了更好地发挥集体智慧；个人负责制是为了发挥决策效率。根据《宪法》规定，人大机关是委员会形式的集体负责制，国务院及其所属部委、地方各级人民政府都实行行政首长负责的个人负责制。行政首长对职权管辖范围内的重大事务有最终的决定权，并承担由此所产生的政治责任和法律责任。通过行政首长的负责，最终实现行政机关对人民代表大会的负责。行政决策尽管不排除发扬民主、集思广益，但最后的行政决策权是由行政首长本人作出的，如出现疏忽或重大失误，应当追究行政首长的责任。协助行政首长工作的副职、下属应当对行政首长负责，这是行政权行使的一般原理，是我国宪法和政府组织法的规定。在许多行政问责规定中，笼统地把行政人员“独断专行、决策失误，’为一种重要的问责事由，没有区分个人负责制与集体负责制的关系，一方面削弱了行政首长的责任，因为他可以在行政决策时通过集体研究，共担责任来规避责任追究，另一方面不利于责任追究的制度化，弱化责任追究的效果。
3、问责途径单一，缺乏外部约束
问责途径是指通过何种方式、程序追究行政人员责任。目前，除党委依据党纪追究党的干部责任外，主要是行政机关内部问责，行政机关上级对下级的问责、同级对本部门行政人员的问责，学者们称为“同体问责”，而不重视人大机关的问责，也忽视了社会力量对行政问责的监督和问责信息的公开，因此容易异化为权力斗争和铲除异己的工具。因此，应当强化异体问责，主要包括人大、民主党派、司法机关、新闻媒体、社会公众等对执政党组织和政府的问责。[15]相对于同体问责，异体问责是一种更有效、更具有公信力的问责方式，因为行政问责的本质是依据宪法、法律监督政府的行为，而吸纳民意、监督政府的行为是深化异体问责的核心内容。因此，只有加强异体问责，才能对政府产生应有的政治压力和制约作用。
4、问责程序设置简陋，责任方式配置不合理
