前期、中期和后期监测预警的具体目标和侧重点不同：前期重点是水体沉陆的污染以及水体沉陆的病原体卫生防疫监测。中期监测预防的重点是消落区土地利用、岩石分化和崩塌、岸基沉降、生物多样性等。后期监测预防的重点是消落区成陆期内的陆源污染对上涨后水体的污染以及消落区财产安全和人身安全。
　　
　　三、消落区开发利用管理制度
　　
　　消落区的开发利用一直是个争议焦点，“开发派”认为“三峡库区”存在严重的“人-地”矛盾，土地资源相当紧缺，严重制约了三峡库区经济发展，因此，应当允许消落区科学、合理、有限地开发利用；“保护派”认为消落区环境敏感、生态脆弱、开发利用消落区会导致水体严重污染，水土流失，因此，应当限制甚至禁止对消落区进行开发利用。笔者，认为对消落区全面禁止开发利用是不现实的，不科学的，也是没有必要的。在保证消落区安全（环境安全、生态安全、航运安全等）的前提下，适度开发利用是可行的，在某些方面，还是有利于消落区的安全保护，例如，消落区的林业开发利用，就有利于消落区的水体安全和防止水土流失。为保证开发利用对消落区产生积极作用，防治消极作用，必须对消落区开发利用进行严格管制：
　　
　　（一）规划管制
　　
　　消落区是一个特殊的生态系统，因此，对其开发利用必须严格遵循客观规律科学适度进行，针对消落区不同的地质、地形、土质，不同的高程和不同的消落时期，如何进行开发利用必须在进行前期系统合理的科学研究和论证的基础上合理规划，这种规划必须进行环境影响评价，以实现开发利用的经济效益、社会效益和环境效益的三统一，三峡库区消落区开发利用规划要依据三峡总体规划，库区各县市的经济发展规划也要考虑三峡库区消落区开发利用规划，严厉禁止地方政府、企业和任何个人违反消落区规划擅自开发利用消落区。
　　
　　（二）消落区开发利用的主体管制
　　
　　消落区的开发利用必须严格按照科学规律，遵循消落区开发利用规划，这对开发利用主体提出较高的要求：有符合开发利用要求的科学管理和组织能力；有符合法定要求的资金；有承担法律责任的能力；因此，消落区严禁个人散落、自行无序地开发利用，按主体的情况，消落区开发利用主体可有如下种类：（1）按照属地管理原则，开发利用主体可以是县、区；街道；村或社区。 （2）开发集团　有学者提出可以将消落区以及周边区域的开发利用权出让给有经济实力的开发集团，这种开发集团的集中式开发有利于资源整合和优化配置，有利于消落区开发利用主体化、利用最佳化、保护最优化，以及效益最大化。（3）开发公司　可以成立三峡消落区开发公司，按市场经济规则，以公司形式运营，三峡管理委员会或地方政府可以全权委托消落区开发公司开发、利用与治理消落区，开发公司获取开发收益同时承担消落区治理和环保责任。（4）承租人　按照国有资产管理办法，三峡主管部门或地方政府可以股份制、股份合作制等多种形式以契约的方式，把消落区的经营权出租或出售或拍卖给单位、企业或法人，独立经营，自负盈亏。

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