在地域管辖上，综合管理部门的管辖地域至少但不限于：整个三峡库区水面以及三峡库区消落区。
第二、建立三峡库区
环境保护法庭 就三峡库区破坏生态、污染环境的案件专门设立
环境保护法庭，三峡库区是个特定的区域，必须贯彻环境保护优先的战略决策，在环境保护方面必须走在全国前列，设立专门的
环境保护法庭，可以提高人们环境保护的意识，可以有力打击环境违法行为，对环境保护方面的地方保护主义以有力制约，特别是对地方政府在环境保护方面的不作为行为给予行政诉讼等。
二、消落区生态监测预警制度
消落区成陆期间，必须对消落区进行生态监测、污染监测、卫生监测、人身和财产安全监测等，这种监测在整个成陆期间分为三个阶段即前期、中期和后期等：
前期监测主要是指在库水消落后立即对消落区留下的污染、病原体等进行监测并采取污染与病源防治措施。
中期监测主要是在每年的库水消落后至库水上涨前这段时间内对消落区的生态系统、环境污染、土地利用、消落区的空间利用、岩石分化等情况进行监测，并对消落区生态、航运安全产生消极影响的行为采取预防措施。
后期监测主要是在成陆期末蓄水前对环境污染、人身与财产安全以及消落区大型物件的存放进行监测和预警，消落区主管部门在蓄水前应根据蓄水进度对消落区的环境污染情况进行监测、对水质产生影响的污染，如农作物废弃物、各种动物尸体、生活垃圾和粪池等进行清理和治理，对消落区的居民以及其他人员进行预告和清查，尤其是消落区中被淹没的孤岛进行重点预告和排查，确保消落区居民或其他居民的人身安全。在蓄水前，对消落区的财产进行警示保护，成陆期有的消落区被合理合法的开发利用，因此，在蓄水期应对这些合法财产进行保护，对消落区内尚未收割的农作物、经济作物进行预告和催收；对消落区内仓储物进行预告和催迁，对确实无人受领的作物或物品，主管部门可以暂时提存，待产权人认领时，在付清搬运费、保管费和仓储费后认领，主管部门对消落区所有暂管财产进行催告，对无人认领财产作为无主物处理。在蓄水前还要对消落区内的大型物件、临时建筑以及其他影响航运、占据库容的物体进行清理。
