其次，明确其管理主体及相应职能。自然保护区作为一种受特殊保护的区域，这一区域的法律性质我们应当从法律上给予其明确的定性，从而避免产生不必要的混乱破坏。因此自然保护区必然是以一定的区域、一定区域内的土地、一定区域内的资源、管理机构、甚至一定的人口所组成的地域的集合，这一点与行政区域有相似性，也必然与所涉范围内行政区域的管理相交叉或相冲突。由于自然生态系统的复杂性和我们对生态系统弹性能力的无知，人们越来越认识到维护生态临界点的符合可持续原则的管理必须是灵活的，不能用固定的僵硬的规则去套用。[10]
　　
　　鉴于自然保护区类型的复杂性与地方利益的交织性，提出如下建设：首先，可以对自然保护区的内涵与外延做出一个开放性的设计，然后结合相关的设立标准与其他法规明确列举出自然保护区的范围，这样对于自然保护区设立就有了相对明确的法律内涵，又有一个相对开放的外延，使自然保护区的范围更具有相容性与灵活性。其次，明确其保护内容的公益性、全人类利益，它不仅仅是为了某个群体某个人的权益；也不仅仅是为了某个区域某个行业的发展。第三，明确国家与地方自然保护区的区域属性、行政区划、自然保护区功能区划等之间的关联，保护区只能由政府监管，依据不同的生态状况，选择适用由不同的主体来进行治理、修复、保护甚至运作等。第四、应当制定一部完整的自然区域保护法，规定基本的原则、制度与要求，然后通过行政立法的方式确立不同自然保护区域的管理要求，再依据不同自然区域特性对不同区域进行有条件的分类管理，这样既保障管理的统一，也能保障不同主体在法律适用上的平等性。
　　
　　（二）明确不同自然保护区管理机构的法律性质与法律地位
　　
　　从实践上看，自然保护区管理机构的事业性质问题似乎不应成为问题，但事实上不得不引起重视的是，在很多保护区，保护区已经成为一个具有独立经济利益的实体。就法律原理和法律的规定来说，保护区相关管理机构及管理部门的职责就是“保护”、“改善”、“管理”，而不是“利用”，至少其主要任务不是利用与开发，不是为了获取较大的利润或经济利益。在我们确立自然保护区管理机构事业单位的性质时，我们更不能忽视一个事实，那就是随着经济体制与分配体制的变革，现在的事业单位也不是完全不赢利，完全公益性的组织或法人，事实上不是这样，所以就这样简单地给予自然保护区管理机构给予定性还不充分，我们应当给予不同级别的保护区管理机构通过法律将其权利与义务予以明确化，并且必须明确指出：其职责就是保护，不是利用。

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