（二）然保护区管理机制不规范，管理内容不确定。
主要体现为其管理机构法律性质不明确、管理运作状态不清楚。关于自然保护区管理机构的法律性质，《条例》没有说明。只有《
森林和野生动物类型自然保护区管理办法》规定了其“自然保护区的管理机构属于事业单位”。这部法规在《条例》之前出台并实施，是否说明其他自然保护区的管理机构都是事业单位，还是仅指与森林保护相关的自然保护机构是事业单位？而且该《办法》效力等级较低，不足形成制约。因而，自然保护区管理机构到底属于什么性质，是设立它们的行政机关的派出机构，还是上下级关系？这一点在法律中没有明确指出，这种不明确性直接导致了自然保护区的管理混乱、责任体系不明、执法的混乱、资金利用机构不得当却难以追究责任。另外，自然保护区管理机构所行使的相关职能，是否都应由法律直接规定的，还是由设立它的行政机关授予？保护区管理机构在实践中造成了他人的损害，应当承担国家赔偿、行政赔偿责任还是民事责任？自然保护区的管理是是何种性质的管理，从目前实践看，是介于行政管理与公司自行运营之间一种公共管理，作为一种中间状态并没有明确的法律定位。
（三）其他相关保护区之间的关系界定不明晰。
一方面，各种保护区的划分细致且不易区分，特别是法律责任很难操控，从不同区域的功能来看，自然保护区、世界文化自然遗产、风景名胜区、森林公园、生态功能保护区等各类特别保护区域原则上属于禁止开发区，原则上都是一种自然保护区，但我国相关法中却单列出来且规范与管理很不一致。另一方面，没有将生态功能保护区与相关的自然保护区区别开来，“在空间范围上，生态功能保护区不包含自然保护区、世界文化自然遗产、风景名胜区、森林公园、地质公园等特别保护区域”[8]。 这从建设与管理机制上进行区分是很困难的，尽管有国家标准进行细分，但对于保护的标准一般人是很难通晓的，因此，这种体系极不利于自然保护区中的公众参与特别是当地人的参与。“法律制度的基础应该是建立在大多数例子里，而不遵守习俗认可的法律行为会招致周围人的非议”[9]。
三、公共管理背景下自然保护区法律制度的完善
（一）尽快制订与完善自然保护区管理及相关立法
首先，应确立自然保护区的内涵与外延。在我国特殊保护区的立法普遍存在法律的交叉与重叠，这需要我们立法机关在立法中，尽量分清不同功能的保护区，确立合理的标准进行内涵确定与外延区分。因为自然保护区不是简单由自然景观所构成的一定自然地理区域，它必然会涉及到资源的开发利用与管理问题，通过行政立法的方式解决管理问题，可能会导致某一领域的管理与另一些领域的管理不足，但可以通过法律制度与责任机制的完善来对其规范立法的内容进行引导与管控。同时，在立法中要与其所属管辖范围的公共管理体制相互沟通，否则可能不利于一定区域内的经济、生态的整体性考量。
