其二，日本针对人们在大量开发和利用自然资源过程的同时，给生态环境、自然资源带来污染和破坏的现象，通过公权力的介入，采取特别法明确规定的方式，限制或禁止人们对自然资源的开发和利用，并通过经济手段对保全自然资源有贡献者实行补助制度，最终实现自然资源保全目的。
第一、实行许可证制度。在自然资源开发与利用方面，日本实行许可证制度，目的在于通过限制开发和利用，实现环境资源保全。如温泉开采许可制度、矿业开采许可制度、狩猎许可制度、林地开发许可制度。
第二、实行自然保护制度。为保护自然资源，日本实行了由自然公园制度、自然地域的保全制度、鸟兽保护制度、珍稀动植物保护制度、濒危动植物保全制度等组成的自然保护制度。由于贯彻与实施这些制度，需要花费一定费用，因此，日本通过相关立法明确这类费用的具体承担方法。具体而言，在贯彻自然公园制度中，明确了确保用地费用、规制特定行为造成损失的补偿费用（
森林法35条自然公园法35条、
44条、自然环境保全法33条、
48条）、积极环境管理的费用（自然公园法14条、
15条、
25条、
26条、
30条等）。在野生动植物保全方面，规定了由国家和地方公共团体负担有关对野生动植物生存状态调查研究的费用（自然环境保全法5条）、野生动植物生存地保护需要的费用（鸟兽保护法8条，物种保存法44条）、国内珍稀野生动植物物种保存的人工繁殖费用（物种保存法46条）等。在对濒危动植物保全方面，明确了管理、修复费用的负担、损失补偿方法（
文物保护法72条、
74条、
75条、
78条）。
第三、采取经济手段，保护自然资源。基于日本环境基本法第22条的规定，日本加强对自然资源的保全，对自然资源保护者实行补助制度。如在森林保全方面，建立了林业补助金制度。即针对林业生产周期长，投资投劳大，林业内部收益率低，公益性强等特点，日本实行了由国家对造林、育林给予高额补贴的补助制度。林业补助金制度是根据《
森林法》实施的一项长期制度，补助金的来源和分担比例均有明确规定。林业普及与指导的全部费用由国家负担；造林、林道、地方林业科研的费用由国家和地方政府各负担一部分，其中造林费补助比例为: 一般造林补助40％， 瘠薄地和水源地造林补助68％；编制和实施地区森林计划、森林施业计划及防护林事务等费用由地方政府负担，国家补助50％；被划定为防护林后， 因木材生产限制承受的经济损失由国家补偿；在保安设施区域内，因造林及森林土木工程等设施及管理承受的损失由国家负担2/3，地方政府负担1/3。[12]
