在恶劣的自然条件下,脆弱生态的环境容量低下,兵团垦区虽有广阔的土地资源,但它的承载力很低,难以承受太大的人口压力。人口不断增长,对土地和自然资源的需求量大大超过了环境的承载能力,生态系统不断遭到破坏,使原来脆弱的生态环境变得更加脆弱和恶劣,人口环境容量也日益缩小。目前土地沙化、荒漠化、土壤次生盐碱化、绿洲萎缩、湖泊干涸、河道断流、沙尘暴等,都是生态环境恶化的继续和具体表现。
　　
　　（二）农业生产造成的面源污染以及土壤污染。
　　
　　不可否认，兵团农业的现代化、机械化已达到全国领先水平，现代科技和化肥、农药的使用成为提高土地产出水平的重要途径，而这种“现代化”农业生产是面源污染最重要的的来源。每年兵团农业生产中使用化肥达64万吨，平均每公顷施肥量达623、8公斤，南疆垦区的植棉团场喷药面积由过去的不足700平方hm猛增到30000多平方hm,棉铃虫的抗药性水平上升11倍之多。面源污染会造成江河湖泊等水体的富营养化，使之失去生活和生产的使用价值，还会造成地下水污染甚至食品污染，面源污染的严重性因此逐渐显现出来。另外农用地膜带来的土壤污染也造成相当程度的环境危害。由于面源污染分布面积广，污染在空间、时间上不确定性较大，因此，兵团农业面源污染缺乏系统、可靠的基础资料，对面源污染的研究、监测和控制工作才开始起步，对土壤污染导致污染疾病的情况并不清楚。
　　
　　（三）由于农场的基础设施建设滞后产生的生活污染。
　　
　　随着我国城市化进程的加快，城市化倾向日益明显。但与城市相对规范的规划，较完善的基础设施相比，兵团以团部为中心的小城镇和农业连队在这方面明显落后。以团部为中心的小城镇建设存在的主要问题是规划短期性、随意性突出，环境卫生设施不配套，生活垃圾任意处置，只重视修建漂亮房屋，忽视绿化设施建设，只重视主干道道路修建和维护，而内部道路残缺不全。大部分农业连队的小环境日益恶化，道路破烂不堪，电力、自来水设施老化，家庭养殖缺乏统一管理，陆、海、空（鸡、鸭、鸽）齐全，猪、牛、羊遍地，人畜共同生活在在连队的小环境中，常年臭气熏天，蚊蝇肆虐，严重影响了农场职工的生活质量。
　　
　　（四）团（场）办企业布局不当，治理不够产生的工业污染。
　　
　　近几年，随着城市污染防治力度加大，一些能耗大、污染重的企业，因城市环保要求无法立足，便利用团场环境管理力量薄弱的弱点，在当地安营扎寨，这些企业中大多数设备落后，产品技术层次不高，环境保护意识淡漠，无力处理“三废”，有害废气、废水和废渣往往未经处理直接排放，危害了农场环境和农作物生长。近10年，工业化畜禽养殖业又成为新的污染源，在某些地方这种污染甚至已经超过工业污染。团（场）企业的污染不仅会延缓工业化进程，也会对环境安全和社会安全产生负面影响。

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