总的说来，中资银行的经营成本明显高于外资银行。据上海市测算，2000年该市外资金融企业的所得税负担率为15．6％，比该市内资金融企业所得税的平均负担率低15．7个百分点。
（三）金融税收征管相对滞后
1．对金融衍生产品征税管理滞后。随着对外开放的不断扩大，金融衍生工具在中国资本市场的应用将越来越广泛。但目前我国对金融衍生工具的征税规定还仅限于在期货和股票期权方面，对其他金融衍生工具是否征税还无规定，且已有的规定也很不规范，仅有营业税、所得税的规定。因此对每一种金融衍生工具是否征税以及如何征税，均需耗费大量精力调查研究作出补充规定，致使税法缺乏应有的严肃性与一致性。另一个问题是对新兴业务扶持力度不够，税收政策跟不上金融创新的脚步。
2．证券资本利得没有全部纳入征税范围。世界上大多数国家如美、英、法、日等国都开征了证券资本利得税。只是有些国家对资本利得有特殊的减免规定，即对长期投资者予以优惠，对转手快的短期投资者征收较高的税，以实现对证券市场过分投机活动的抑制。目前我国对转让股票所得征税的情况是，在股票交易环节不论盈亏都要征收较高的流转税。企业转让股票所得，按普通所得缴纳企业所得税，个人转让股票所得则免缴纳个人所得税，这显然有违税收公平。此外个人买卖证券投资基金也免缴纳个人所得税。
3．金融信托税收制度基本空白。近年来我国信托市场逐渐规范，发展前景广阔。而我国税法对信托业务征税的规定很少，只在1998年以后对投资基金的税收问题作了些简单的规定。《中华人民共和国信托法》已经于2001年4月28日获得通过，并于当年10月1日实施，如何科学地制定与信托业务特点相适应的税收政策是当务之急。
（四）行政审批事项过多，手续繁杂
金融税收行政管理要求审批的事项过多，大大加重了企业税收的征纳成本，而且使税法流于形式。以贷款呆账核销的审批为例，按照财政部的规定，国有企业贷款呆账核销应报企业所在地财政监察专员办事处审批。税务部门规定要报税务机关审批，否则不准税前列支。如果财政监察专员办事处未批准，税务机关也不能批准。又如，缴税方式和有关准予摊销费用的审批规定也不合理。其中汇总纳税的问题未在税法或暂行条例中明确，而是通过行政审批来确定，弥补亏损、装修费、固定资产报废等，每次都要向税务机关层层报批，过于繁琐，大大地增加了企业税收的征纳成本。
