近年来，有学者开始对行政主体理论进行反思，认为行政主体理论与行政诉讼资格的联系过于紧密，而且自身存在一定的逻辑矛盾，因而主张借鉴西方的行政主体理论对我国的有关理论进行重构。
在对行政主体理论进行反思的同时，对行政组织法的研究开始受到重视，行政组织法研究得到一定发展：（1）行政组织法不仅研究行政机关和机构，研究行政编制和公务员制度，还研究行政机关以外的其他社会组织及其关系。（2）行政组织法的研究成果，对完善行政机关组织法、行政机关编制法和公务员法等产生了一定影响。（3）行政组织法的研究与政府体制改革之间开始形成了良性互动的关系。但总体来说，行政组织法的研究还比较薄弱，而且研究资料不够全面，特别是有的比较研究的资料偏于陈旧，有的研究结论不够贴近实际；从法律视角对行政组织包括对中央政府机构、地方政府和行政机关以外的行政组织的研究不够等。
在建设法治政府的进程中，有必要加强行政组织法的理论研究和实践探索。国务院2004年3月22日公布的《全面推进依法行政实施纲要》指出：要“合理划分和依法规范各级行政机关的职能和权限。科学合理设置政府机构，核定人员编制，实现政府职责、机构和编制的法定化”。
笔者同意这样的认识：在行政法学体系中，行政组织和行政主体都是非常重要的内容。行政组织法侧重于从整体对行政组织涉及的法律问题进行研究，以确保行政组织建立在理性基础上，对行政组织整体予以法律规范和控制；行政主体理论则侧重于解决在行政组织中哪些主体能够独立对外管理，具有独立的法律地位。
行政主体理论固然有其一定的意义，但学术界在对行政主体研究的同时，不应该忽视、淡化甚至驱逐对行政组织法的研究。为合理划分和依法规范各级行政机关的职能和权限，科学合理设置政府机构，需要对行政组织法涉及的问题全面展开研究，完善行政组织法制。行政法学界可以在行政主体概念的统领下，把行政组织和行政主体作为并行的而非融合的课题，对行政组织的内在结构问题予以深入、细致的研究。
党的十七大提出了“健全组织法制和程序规则”的要求；2008年2月党的十七届二中全会通过的《关于深化行政管理体制改革的意见》，把“实现政府组织机构及人员编制向科学化、规范化、法制化的根本转变”作为行政管理体制改革总体目标中的一项重要内容，明确提出要“加快推进机构编制管理的法制化进程”。行政组织法的研究迎来了新的发展机遇，也面临新的任务。
