四、特别程序
《土地征收法》除了规定上述两种正规的程序制度之外，在与资源收购相配合，还设置了正式的裁决程序之外的特别程序。这些程序具体如下。
(1)调解程序
这是《土地征收法》设立的一种项目设立人和土地房屋权利关系人之间以不具有强制力的方式解决纠纷的程序制度。双方或者一方当事人可以向都道府县知事提出调解申请。根据该申请，知事就各案情况任命由5名成员组成的调解委员会承担调解职责。
在项目认定告示公布之前，调解委员会通过调解实现在事实上使得当事人之间达成合意。
(2)协议的确认程序
在项目认定告示发布之后至裁决申请提出之前的期间内，如果当事人之间达成协议，在具备一定的要件时，该协议取得征收委员会的确认之后，就被视为同时作出了权利取得裁决和清空交付裁决。由此，项目设立人为了原始取得和清空交付土地，可以采取代执行的法律手段，与此同时，原土地所有权人也被视为取得了该土地的赎回权。
(3)和解程序
征收委员会在审理的程序进行之中的任何时候，都可以建议当事人达成和解。当和解符合一定的要件时，和解书一旦制作成立，就被视为征收委员会已经作出了权利取得裁决和清空交付裁决。
除上述的特别程序制度之外，《土地征收法》还设置了紧急裁决程序制度和单纯补偿裁决程序制度，适用于于特定的情况。
五、与征收程序有关的行政诉讼程序
由于《土地征收法》设立的项目认定程序与裁决程序各自承担的作用不同，因此，针对相应程序中产生的各种行政行为，在行政诉讼程序中可适用的诉讼种类也不尽相同。当征收裁决程序中，作为当事人的项目设立人或土地房屋权利的关系人如果对损失补偿的金额表示不服时，可以另一方当事人作为被告提起行政诉讼中的当事人诉讼。由于这类诉讼所争议的是损失补偿的金额多少，即争议只是限于私益的范围之内，因此，裁决本身不存在被请求撤销变更的必要性。
但是，如果土地房屋权利的关系人是以损失补偿之外的理由提起诉讼，例如当事人认为项目认定违法、裁决程序违法时，即提出的理由属于公益方面的内容时，该当事人在请求国土交通大臣进行审查的基础上，可以立即以征收委员会为被告提起行政诉讼中的撤销诉讼。
