由于何时启动征收程序是由项目设立人单方面决定的，因此，为了保障被征收财产人的权利，《土地征收法》在征收程序中，赋予了土地房屋的权利人一定的程序性权利。针对土地补偿的项目认定时主义，如果项目设立人延迟启动征收程序，很可能因此侵害实体性的财产权，因此，该法律设置了两项程序性权利。一是土地房屋的权利关系人拥有裁决申请请求权。二是土地房屋的权利关系人拥有支付补偿金的请求权。与此相对应，项目设立人自项目认定公告发布之日起，负有将项目设立土地的表示图长期供公众自由查阅，以及采取广泛告知补偿情况的措施的义务。
三、裁决程序
自项目认定告示公布之日起，项目设立人就因此获得了裁决申请权。项目设立人可以在此之后的1年之内，申请相应土地房屋所在地的都道府县的征收委员会作出征收裁决。与此同时，由于补偿金额采用了固定价格的“项目认定时主义”，因此，土地房屋权利的关系人也因此拥有裁决申请的请求权，可以向征收委员会提出项目设立人应该申请征收的请求。
1．征收委员会
由于征收土地房屋会对私权产生很大的影响，因此，在征收程序中，作为作出裁决的机关的征收委员会，其地位必须具有公正和中立的性质。《土地征收法》设置的征收委员会，是一个独立的行政委员会，其设置在都道府县知事的管辖权之下，独立行使职责。征收委员会原则上以公开的方式审理裁决案件，承担准司法机关的作用。
2．裁决程序中的权利和义务
在征收委员会主持的审理程序中，作为双方当事人的项目设立人和土地房屋权利的关系人有权口头或以意见书的方式陈述意见。但口头陈述或意见书的内容只限于损失补偿的相关事项的范围，其他事项，例如不服项目认定以及其他问题，则只能记载在意见书中而不能口头进行陈述。此外，如果在事前制作的土地案件和包含房屋在内的物件案卷中没有附加异议，那么，在裁决程序中就不得对这些案卷所记载的事项是否真实表示异议。但是，如果能够举证证明案件中所记载事项违反真实情况的除外。
在裁决程序中，双方当事人还享有要求提交资料、询问证人、进行鉴定和进行实地调查的申请权，征收委员会当然享有自身可以实施这些程序的权限。
3．裁决的种类
经过审查，征收委员会可以作出两类裁决：一是驳回裁决，一是征收或使用裁决。当裁决的申请与项目或项目计划与项目认定的事项不符合，或者其他申请违反土地征收法的规定时，征收委员会作出驳回征收或使用申请的裁决。反之，征收委员会将作出征收或使用裁决。征收或使用裁决又可以进一步分为权利取得裁决和清空交付裁决。权利取得裁决就征收土地的区域、土地的损失补偿权利取得的时期等内容作出确定，清空交付裁决设定了土地损失补偿以外的补偿，清空交付的期限等内容。依据征收裁决，项目设立人必须在权利取得期限或者清空交付期限的届满之前支付裁决所确定的各种损失补偿金额。如果在这些期限届满时没有交付的，该裁决因此失效。项目设立人在履行了裁决确定的补偿金支付等义务之后，自权利取得裁决所设定的权利取得之时取得相应土地房屋的所有权，同时消灭该土地房屋上的其他权利。但是，在清空期限届满之前，所有权人等可以继续占有该土地房屋。同时，在该期限之内，土地房屋的所有权人、土地、建筑物及其附属设施的占有人负有交付、转移该该土地房屋的义务。如果不履行、没有完全履行或者虽然已经开始履行但在该期限届满之前不能预见可以完成该项义务时，项目设立人可以申请都道府县知事，依据《行政强制执行法》的规定采用代执行的方式完成义务状态。
