为此，应当修改完善《
环境保护法》，增加综合生态系统管理的基本原则、调节机制、调整范围、调整手段、总括性的法律责任等内容的规定，以统率其下的部门法或单行法。作为环境资源保护的单行法或部门法，亦应体现综合生态系统管理的理念，立法和修法应当着重于各部门法或单行法之间的衔接统一，消除法律之间的冲突现象。同时，引入综合生态系统管理理念，必须重视多部门参与和多学科手段的运用，强调平衡局部利益和整体利益、短期利益和长远利益。
2．环境资源保护法律中应当规定和完善体现综合生态系统管理理念的相关制度
我国环境法所确定的环境影响评价制度、“三同时”制度、征收排污费制度、限期治理制度、排污许可证制度、污染物集中控制制度、环境保护目标责任制度、城市环境综合整治定量考核制度等八项制度是在计划经济体制向市场经济体制转轨以前建立的，不可避免地带有强烈的时代色彩。而且各项制度之间缺乏协调，如总量控制与浓度控制的冲突、分散治理和集中控制的矛盾、各项制度适用范围不够明确统一、内容规定较原则，缺乏配套法规，缺乏操作性，为此，必须对环境基本制度进行改进，通过强化政府及其有关部门的职责、完善监督管理，减少审批环节，加强制度之间的协调性、统一性、互动性，完善各项制度的管理程序和具体实施办法，增强制度的可操作性。[5]因此，应当在环境资源保护的法律法规中规定和完善体现综合生态系统管理理念的相关制度，这些制度主要包括生态安全风险评价制度、信息获取和共享制度、联合或综合执法制度、公益诉讼制度、生态破坏的恢复与重建制度、排污权管理制度等。
（二）制定专门的《流域管理法》
我国传统的环境资源法是建立在两大板块基础之上的：一是对环境因子的分类立法，诸如水、大气、海洋、噪声、毒害废物质等污染防治之法；二是对自然资源要素的分类立法，诸如水、土地、矿产、森林草原、野生动植物等的保护利用之法，这样就使本来都属于同一生态系统的要素与要素之间，环境与资源、能源之间呈现纵向、分割、相对独立的态势。在我国原有环境资源法律的分割管理模式下，没有很好将生态系统的各组成要素有机统一的管理，往往出现各单项要素管理指标都合格，但整体生态系统的状况却依旧恶化的局面。[6]
在流域管理领域，由于我国至今还没有一部完整、系统的流域管理法，对流域管理的规定都是散见于《
水法》、《
防洪法》等法律法规中。同时，对流域内其他自然资源和环境保护的管理，则由环保、林业、农业、草原、土地等主管部门分别根据《
环境保护法》、《
森林法》、《
农业法》、《
草原法》、《
野生动物保护法》、《
土地管理法》依法管理。这种缺乏综合生态系统管理理念指导、按环境因子和自然资源要素分类立法的模式弊端更为明显：由于按环境因子和自然资源要素分类制定的法律，往往都规定了以不同部门为主的监督管理体制，而这些部门之间又缺乏相应的协调机制，形成了对流域内水、土、植被、生物多样性保护、农业生产、工业布局、污染防治、水土流失和荒漠化防治等进行了分割管理，从而导致立法目标及立法内容之间的相互冲突。因此，应当以综合生态系统管理理念为指导，制定统一完整的《流域管理法》，改变流域管理缺乏有效法律指导的现状。在《流域管理法》中，对体现流域管理特色的水权管理制度、流域生态阈值管制制度、流域产业发展制度、流域环境资源产权制度、流域生态补偿制度、流域生态保护基金制度、流域投资制度、流域环境教育及培训制度作出明确规定。
