在我国西部的塔里木河流域和石羊河流域，地方政府分别依据《新疆维吾尔自治区塔里木河流域水资源管理条例》和《甘肃省石羊河流域水资源管理条例》设置了相应的管理机构，两流域的流域管理局被赋予了行政主体地位并行使一定的行政管理权力。《新疆维吾尔自治区塔里木河流域水资源管理条例》和《甘肃省石羊河流域水资源管理条例》作为地方性法规，法律位阶较低，由地方性法规赋予某一组织行政主体地位，有悖行政法基本原理。鉴于此，应当出台位阶更高的《流域管理法》，明确流域管理机构的法律地位，赋予其行政主体资格和行政管理权力，并使之独立承担法律责任，以利于对流域事务的管理。
3．流域水资源管理与土地、森林、草原管理法律法规之间缺乏必要的协调统一
流域管理是涉及水资源、土地、森林、草原、湿地、动植物资源等保护管理，涵盖水利、工业、农业、林业、牧业等众多行业部门的综合系统工程。与流域管理有关的资源立法具有明显的部门痕迹，相关法律法规之间缺乏必要的协调统一。在实践中，长期以来，部门分割、行业阻隔的管理体制和模式造成了流域管理上“各自为政”的局面，影响了流域管理的效率，不利于流域生态环境的保护。
以防治水土流失为例，《
水土保持法》规定“在水力侵蚀地区，应当以天然沟壑及其两侧山坡地形成的小流域为单元，实行全面规划，综合治理，建立水土流失综合防治体系（第
22条）”。新疆、甘肃出台的
关于水土保持法实施办法中均有“在水力侵蚀地区，以小流域为治理单元建立水土流失综合防治体系”的类似规定。这种只强调“小流域”治理而忽略大流域甚至整个流域规模治理的思路和立法规定，不利于整个流域水土流失的治理。流域内水土流失不仅是受水力侵蚀的小流域问题，更多是涉及全流域上游、中游、下游的全局问题。因此，流域水土流失在强调小流域治理的同时，更应注重对整个流域的综合治理，体现在水土流失的治理规划中，要统筹考虑上、中下游的特点，采取综合措施防治全流域的水土流失。
目前出台的《新疆维吾尔自治区塔里木河流域水资源管理条例》、《甘肃省石羊河流域水资源管理条例》仅对流域内水资源的开发、利用、保护作出了规定，对于在流域内盲目开荒、破坏植被的行为则分别由土地、林业等部门实施监督管理。从流域统一管理的角度来看，分割管理的弊端是水资源、土地利用及规划、森林草原植被等资源不能实现与流域综合治理规划的衔接。尽管在新疆、甘肃出台的有关《
水法》、《
森林法》、《
水污染防治法》、《
水土保持法》实施办法等地方性法规中都涉及到了流域管理的相关规定，但这些规定要么过于原则，操作性不强，要么随着相关法律的修改，地方性法规未能及时修订而显得滞后。
4．一些重要的流域管理法律制度尚未建立或不够健全
如流域生态阈值管制制度、生态安全风险评价制度、信息获取和共享制度、联合或综合执法制度、公益诉讼制度等尚未建立。生态补偿制度、水权流转制度、排污权交易制度仍然处于不断探索和完善之中。这些都在一定程度上影响了流域综合管理的整体效果，需要在今后的立法中建立健全上述制度。
以公众参与制度为例，《
环境保护法》第
六条规定：“一切单位和个人都有保护环境的义务，并有权对污染和破坏环境的单位和个人进行检举和控告。” 《
环境影响评价法》第
五条规定：“国家鼓励有关单位、专家和公众以适当方式参与环境影响评价。”第二十一条亦规定：“除国家规定需要保密的情形外，对环境可能造成重大影响、应当编制环境影响报告书的建设项目，建设单位应当在报批建设项目环境影响报告书前，举行论证会、听证会，或者采取其他形式，征求有关单位、专家和公众的意见。”上述法律规定了环境保护和环境影响评价方面的公众参与制度，但不足之处是仅仅是原则性的规定，尚缺乏对有关公众参与的具体途径、方式、权利救济的形式等保障措施的具体规定。实践中，环境影响评价听证会要么根本没有，要么有名无实，流于形式。涉及流域管理的地方性法规缺乏公众参与制度的规定，流域管理机构中没有用水户、独立于政府之外的专家等代表，用水户与民间组织游离于流域重大事项的决策过程之外，流域规划、水量分配方案等不能充分反映用水户的利益。
