在水污染控制方面，《
水法》规定“在江河、湖泊新建、改建或者扩大排污口，应当经过有管辖权的水行政主管部门或者流域管理机构同意，由环境保护行政主管部门负责对该建设项目的环境影响报告书进行审批”（第
三十四条）。《
水污染防治法》明确规定县级以上地方政府对本行政区域的水环境质量负责，县级以上人民政府环境保护主管部门对水污染防治实施统一监督管理；同时规定县级以上人民政府水行政、国土资源、卫生、建设、农业、渔业等部门以及重要江河、湖泊的流域水资源保护机构，在各自的职责范围内，对有关水污染防治实施监督管理。《
河道管理条例》规定：“向河道、湖泊排污的排污口的设置和扩大，排污单位在向环境保护部门申报之前，应当征得河道主管机关的同意”（第
三十四条）“河道主管机关应当开展河道水质监测工作，协同环境保护部门对水污染防治实施监督管理”（第
三十五条）。从这些法律法规的规定可以看出，河道、湖泊的排污管理工作是环保部门与水利部门的共同职责，而且在河道水质管理中河道管理机关也存在一定的管理和监督职责。法律法规的不同规定使相关部门的管理职能存在一定的交叉和重叠。多头监管的结果，使环境“主管”权或者“监督管理”权被单行环境资源立法分解得七零八落，缺乏环保行政主管部门、水行政主管部门、流域管理机构之间的有效监督和协调。遇有利益获取时，相关部门一般会从各自部门利益出发，尽可能扩大权力范围。面对突发环境事件时，相关职能部门之间互相推诿，不能及时尽到监督管理职责，往往会错过解除污染隐患的最佳时机，松花江污染事件就是一个典型的例证。松花江污染事件发生后，反映出我国在环境保护的地方行政首长负责制、环保部门对各地方的制约权、环境事故信息报告制度落实等纵向的环境保护监管体制方面的严重问题。同时也反映出水利部门或者流域水资源管理机构在水环境监测方面的失职和“缺位”。
这些问题的存在，究其原因，既有立法方面的问题，也有体制上的问题。从立法方面看，我国水资源管理法律法规中部门倾向明显，影响了法律实施的统一性和效力。目前，我国水资源管理和水环境保护的法律和行政法规多数情况是全国人大委托政府行政主管部门进行条款的制定、修订和预先进行司法实践，再提交人大立法委员会在听取各方面意见的基础上进行审定并向法律制定部门提出修订意见。行政主管部门在起草法律、法规条款时，容易受部门利益或部门视角的影响，使得法律、法规从初稿开始就带有部门利益色彩。而立法委在审查过程中，很难与相关的法律法规协同考虑，使得确立的法律、法规往往仍保留原有的部门趋向和部门利益；从而引发相关领域的专项法规间产生矛盾、分歧甚至冲突，以至于相关领域行政机构的职能交叉或重叠，使得部门管理政策产生一定的矛盾或冲突。从管理体制上看，由于我国目前行政机关的设立都没有专门的组织法，各部门的职权都是由各部门自己先制定方案，后报经国务院批准，各部门难免从自身利益出发来考虑问题，从而忽视整体利益，造成权力设置的重复和空白，只有分工没有协作，既不能充分发挥各部门的作用，又不能形成整体利益。反而因为各部门的权力竞争造成对整体利益、长远利益的损害。这种现象在流域资源保护中十分典型：污染管理者、资源开发者、排污者相脱节，管理者只收费不治理、资源开发者既要开发又要治理、排污者只交费什么都不管。其结果只能是流域资源得不到有效保护。
2．流域管理机构性质不明，缺乏法理基础
我国《
水法》规定了流域管理机构在水资源管理中的法律地位，并规定由其“行使法律、行政法规规定的和国务院水行政主管部门授予的水资源管理和监督职责”。但2002年
水法将流域分为三类：一类流域是国家确定的重要江河、湖泊的流域，二类流域是跨省、自治区、直辖市的其他江河、湖泊的流域，三类流域是其他江河、湖泊的流域，并明确规定在一类流域上设立流域管理机构，二类、三类流域上都未明确规定。目前水利部已经设立的黄河水利委员会、长江委员会等七大一类流域管理机构从性质上分析，是水利部在各个流域及其相关区域内(以下简称流域内)的派出机构，代表水利部行使所在流域内的水行政主管职责，为具有行政职能的事业单位。从法理角度分析，这些流域管理机构的性质仍然不够明确，理由是作为水利部派出机构的流域管理机构一般情况下不具有行政法律主体资格，其只能以水利部的名义进行一定的水资源管理活动，并由水利部来承担法律责任，这与建立流域管理机构的初衷相悖，也限制了流域管理机构作用的发挥。目前已经建立的流域管理机构均为事业单位，根据行政法原理，经法律法规授权的事业单位具有行政主体地位并拥有一定的行政权，但从目前我国法律法规的规定来看，缺乏这方面的法律授权。行政法上的“法律法规授权”中的“法律法规”应当作限制解释，即仅指全国人大及其常委会制定的法律、国务院制定的行政法规，而不应作扩大解释，即不应包括地方性法规、自治条例和单行条例。
