《
环境保护法》、《
水法》、《
水土保持法》、《
水污染防治法》、《
防洪法》、《
河道管理条例》以及相关的部门规章和地方性配套法规，构成了流域水事管理的重要法律依据。这些法律法规各自规定了水行政主管部门、流域管理机构、环境保护行政主管部门的职责。从表面上看，上述法律对水事管理做出了全面规定，但实际上在立法理论与实践中就部分水事管理而言，各管理部门之间的职权划分并不明确，存在机构交叉设置和职能重叠现象。机构交叉设置和职能重叠的结果，往往使相关水事主管部门授权不明，容易造成管理“缺位”和“越位”现象。
以水资源管理为例，现行法律对水量和水质管理的规定不太协调。我国规定将水量和水质分割给水利部和环境保护部门进行分别管理，不可避免地给两个部门的工作造成一定困难。分割管理的模式使部门之间分歧协调的时间和周期拉长、难度加大，影响了各自的工作效率。同时使水资源开发利用、环境保护和水污染防治“统一管理和监督”的规定难以落实。从水资源的利用角度考虑，有质无量的水和有量无质的水都不能成为具有使用价值的水资源。而目前水利部门管理水量而环保部门负责水质保护的现状无法满足水资源统一管理与保护的实际需要。
在水质监测方面，《
水法》赋予了水行政主管部门和流域管理机构对水资源的动态监测和水功能区水质状况监测职责。第十六条规定：“县级以上人民政府水行政主管部门和流域管理机构应当加强对水资源的动态监测。”第三十二条规定：“县级以上地方人民政府水行政主管部门和流域管理机构应当对水功能区的水质状况进行监测。” 《
环境保护法》授权国务院环境保护行政主观部门“对全国环境保护工作实施统一监督管理。县级以上地方人民政府环境保护行政主管部门，对本辖区的环境保护工作实施统一监督管理。县级以上人民政府的土地、矿产、林业、农业、水利行政主管部门，依照有关法律的规定对资源的保护实施监督管理”（第七条）。《
环境保护法》在法律上赋予了环保部门对水环境统一监督管理职权，同时赋予了水行政主管部门对水资源保护实施监督管理的权力。《
水污染防治法》则明确了环保部门的水质监测职责。可见，《
水法》、《
环境保护法》、《
水污染防治法》分别规定水行政主管部门、流域管理机构、环保行政主管部门对水质监测和水资源监督管理职责。为了对水资源实施有效的监督管理，水利部依法对水功能区的水质状况进行监测，而环保部门也依法建立了环境（包括水环境）监测网，对环境进行监测和分析。水环境重复监测造成了各部门间监测标准和监测结果的不统一甚至相互矛盾、相关监测机构之间不能实现数据资源和信息的共享。而监测网的重复建设，对国家资金和资源造成了浪费，影响了水资源管理的效率和权威。2008年修订后的《
水污染防治法》虽然明确了国务院环境保护主管部门“负责制定水环境监测规范，统一发布国家水环境状况信息，会同国务院水行政等部门组织监测网络”的职责，但是囿于体制及制度惯性的影响，建立标准统一、整齐划一的水环境监测网络尚需时日。
