三是《刑事诉讼法》第15条规定的“有下列情形之一的，不追究刑事责任，已经追究的，应当撤销案件，或者不起诉，或者终止审理，或者宣告无罪??”说明立案属于已经追究刑事责任了，否则不存在撤销案件之说。由此可以推导出，人民法院对自诉案件进行立案，说明人民法院已经开始追究被告人的刑事责任了。这样，如果法院在开庭审理前，发现“原告撤回告诉或没有告诉”的，应当撤案处理还是作终止审理呢?如果发现不应当追究被告人刑事责任的，根据《刑事诉讼法》第130条规定，在侦查过程中，应当撤销案件，但根据《刑事诉讼法》第171条规定，则法院应当说服自诉人撤回自诉或者驳回起诉，根本没有撤销案件之说。同时，这样的规定也与《最高人民法院关于执行<刑事诉讼法>若干问题的解释》第192条规定相矛盾，该条规定“对于已经立案，经审查缺乏罪证的自诉案件，如果自诉人提不出补充证据，应当说服自诉人撤回起诉或者裁定驳回起诉”，说明法院立案发现依据不足时，不是撤销案件，而是驳回起诉或由自诉人撤回。这一条与法院立案的要求自相矛盾，因为法院对自诉案件，在受理时就应当进行审查，认为有罪证的才能立案，否则不应立案。
四是《刑事诉讼法》第86条规定：“人民法院对于报案、控告、举报和自首的材料，应当按照管辖范围，迅速进行审查，认为有犯罪事实需要追究刑事责任的时候，应当立案??”这里，除“控告”外，其实，人民法院均不具备立案的条件，因为缺乏自诉案件的必要条件：“报案”时还不知犯罪嫌疑人为何人；“举报”的主体不是被害人；对自诉案件而言，没有自诉，即使有“自首”，法院也不能立案。
第三，缺乏对管辖错误的救济。现行《刑事诉讼法》没有规定发现职能管辖错误时应如何处理，缺乏救济措施。职能管辖错误收集的证据与刑讯逼供所取得的证据不同，如果将存在管辖错误的案件材料视作违法取得的证据予以排除，则必须考虑以下两个问题：一方面，如何判断管辖是否错误?有的案件检察院审查起诉时改变了侦查时的定性，后一审法院又改了，或二审改了，或再审改了，如何判别对错?另一方面，如果这些证据不能被认定，则案件管辖移送制度就形同虚设，侦查异地协作，侦查一体化等设想都将破灭。如果进一步认为，职能管辖错误为违法行为，则不但原收集的证据材料不能被采信，而且将追究办案人员的刑事责任了，如非法搜查、刑讯逼供、徇私枉法等。
与上述争议密切相关的，还有对立案前所收集证据的认定问题。在刑事案件中，有很多证据是在立案之前收集的，这些证据有的是公安司法机关在初查、调查时收集的，或者是以治安案件形式收集的；有的则是由非公安司法机关收集的，如工商部门查处假冒伪劣商品案件时收集的生产设备、伪劣商品，纪委查处违纪案件时查获的赃款赃物，这些证据往往事后无法再补正，必须予以认定，否则案件就难以进一步深入了，如果检察机关对纪检部门查获的证据不予认定，则不再存在纪检部门向检察院移送案件了。又如，公安机关在审讯犯罪嫌疑人时，犯罪嫌疑人死亡，检察机关接到报案后，组织调查，需要对审讯人员进行询问，对尸体进行检验鉴定，查明死亡原因。如发现系审讯人员刑讯逼供的，则应当立案侦查，那么前期的调查材料是否自然成为证据使用呢?从司法实践需要看，答案应当是肯定的，但如果认可这样做，则立案与不立案又有什么区别呢?未立案时所取得的材料能够作为证据使用，立案后所取得的材料却因为管辖错误而不能作为证据使用，于理不符。
