承认行政指导的司法审查可能性，对保护公民权利固然重要，行政指导之所以区别于行政处理之处，即它具有极大的灵活性，是处理重大、复杂的社会问题的有效手段。如何在保护权利和保障行政灵活性之间找到最佳的平衡点，是日本法院必须予以解决的困境。日本法院是通过审查行政指导程序过程中，调整司法、行政和当事人的相互关系而对行政指导实施司法监督的。
1．司法监督和行政效率的调整。日本法院要求将公开协商程序纳入行政指导的过程，以使指导的目标获得广泛的社会共识。将行政指导的决策、推行程序公开，是日本法院对倍受批判的行政指导透明性低的司法回应。一般要求，行政指导实施者必须对相对人说明行政指导的宗旨、内容。在行政指导以口头实施时，有关相对人如果要求取得记载前述规定事项的书面文件，只要行政上无特别障碍，该行政指导的实施者必须予以交付。这就是行政指导的公开原则，以使利害关系人明确指导的目标，取得其对行政指导利益引导性的自愿支持。[7]但是，行政指导面临效率定位和程序定位两种选择。行政指导以减少行政摩擦、降低行政成本为其存在基础，显然行政指导的效率定位有其必然性。与此同时，行政指导又处在法治行政的前沿，参与是民主政治的基石，“法律程序成为政治参与的一种替代模式”，[8]所以行政指导的程序定位是其本性使然。因此，法院在规制行政指导的程序时，要求行政机关采纳非正式协商程序，以确保最低限度的民主参与。同时对较正式的行政听证程序不做要求，以保证行政效率的实现。这就是日本法院在衡量司法监督和行政效率后所做的理性抉择。日本法院偏重于通过施加非正式的协商程序以获得社会公众对行政指导的支持，而不愿以严格的正式程序实施对行政指导的制约，这是具有文化、政治和历史的原因的。[9]如此，行政机关在进行行政指导时仍享有相对的灵活性。
2．行政目标与相对人权利关系的调整。日本法院要求行政指导程序采取非正式协商的方式，并向利害关系人公开。一般认为，当事人的程序参与权是一项重要的权利。然而，日本法院对行政指导中行政机关与当事人权利进行重新构造。详言之，如果行政指导机关通知当事人参加指导的决策程序，相关当事人不得以行政指导的自愿性而非强制性和指导没有法律上的拘束力而拒绝参加。可见，此处行政指导的参与成为当事人的一项义务。
为确保权利义务的一致性，当事人享有终止协商的程序权利。这种终止权的赋予，体现了行政指导自愿服从的本质特性。因为行政机关之所以开启协商程序，是提倡通过当事人的同意以解决彼此之间的权力（利）、义务冲突，为行政指导的推行扫清障碍。但这种协商程序因双方争议较大而无法调和，即谋求当事人的自愿服从已成为不可能，此时若继续将当事人限制在协商程序中会损害其利益，故而授予当事人指导程序的终止权。
