第二，在行政诉讼中行政行为可以停止执行的三项例外条件不利于行政相对人权利的保护。归纳起来，这三项停止条件是行政机关主动停止，行政相对人申请停止执行、法院终裁，立法规定的停止。该规定存在如下问题：一个问题是条件的主观性过强，缺乏客观的衡量标准，可操作性差。例如第一项规定仅表明了行政机关是否同意停止行政行为的主观愿望，并没有在法律中规定行政机关同意的条件，即是否对相关主体的利益进行了谨慎的权衡，也没有规定是否像德国一样需要严肃、认真的说明理由。这样规定的结果是行政机关获得宽泛的裁量权，同时对自己做出的停止执行与否的决定不需要对行政相对人进行解释，行政机关有权无责，另一方面，行政相对人缺乏制约行政机关的法律依据。另一个问题是法律保护方式过于机械，不够灵活，不利于达到个案的公正。行政争议发生之后，利益的权重会随着情势的变化而变化，保护的侧重点也会因之发生变化，法律需要最终对最值得保护的利益进行保护。但是该项规定并没有做出这种灵活的规定，赋予行政机关或者法院根据不同情势做出停止执行或者即时执行等不同类型的决定。
第三，财产保全制度中，行政利益优先、缺乏担保规定和法院越位行使职权的制度安排，不符合保障行政相对人权利的要求。一方面，在法定的财产保全制度中，行政机关的利益又一次被凸显出来。法律规定当事人双方都可以申请法院保全对方财产，但是保障的对象却不仅仅是判决的最终执行，同时还包括行政行为得到执行。这种倾向性明显的规定，制度性忽视行政相对人的权利保障，有将司法沦为行政的附庸之嫌。另一方面，法律没有规定提出保全的一方是否应该提供相应的担保，以便于补偿保全错误的情况下给对方带来的损失。该规定客观上亦使得行政机关有随意要求法院命令行政相对人提供担保以保障行政行为的执行的冲动，对行政相对人的利益造成重大负担。第三方面，根据司法解释，法院可以根据不同情况采取财产保全措施。法院本来应该对案件进行居中裁判，不偏不倚，以求做到司法公正，个案正义。这种主动出击式的司法措施体现出了强烈的职权主义色彩，违反了司法中立性原则，[4]在当前的财政体制和司法环境下，容易使法院成为行政机关的助手。
第四，先予执行制度中执行对象类别狭窄，对行政相对人保护不足。在先予执行制度方面存在的重大不足是：可以先予执行的案件类别非常有限，仅仅包括抚恤金、社会保险金、最低生活保障费等具有金钱给付内容的诉讼。在当今福利国家趋势愈发明显的环境下，行政机关具有大量的行政给付职能，既包括金钱给付，也包括大量的非金钱给付，比如及时做出行政命令等。这些非金钱给付对行政相对人的利益同样具有重大影响，如果行政机关怠于履行职责，同样会给行政相对人造成不可弥补的损失。但是在我国现有制度下，即使行政机关有此类不及时作为的错误，法院也无法在行政诉讼中裁定行政机关先履行该类义务，以保证行政相对人的利益不遭受无法弥补的损失。无疑，这对于行政相对人的权利保护是非常不利的。
