当然，如果少数族群在地方上仍然属于少数，那么地方自治未必能保护少数族群的权利。在美国历史上，州权理论反而发挥了压迫黑人的作用。目前22个州规定英语作为官方语言，从而使西班牙裔处于不利地位。因此，莱克教授指出：“联邦主义被想象为少数族群的保护机制，实际上却成为纵容压迫的工具。”[24]这似乎说明只有在少数民族像中国的民族自治地方那样形成某种聚集效应的情况下，地方自治才能对保护少数民族发挥积极作用。
不论如何，控制族群矛盾、维持社会稳定成为不少国家选择联邦制的重要原因[25]。例如印度、比利时和瑞士联邦制都是主要为了保护族群、宗教或语言差异而建立的。加拿大联邦制虽然总的来说是建立在分权基础上，但是对于魁北克的特殊处理则是出于特殊认同的必要性[26]。中国的民族区域自治和针对港澳的“一国两制”，显然也是出于维持这些特别地区稳定的考虑。
控制政府权力
选择联邦制和地方自治的经典理由是权力制衡。通过设计联邦和各州的二元主权体系，联邦制的初衷是让联邦和各州相互约束。虽然美国制宪时期对控制中央权力讨论不多，但那也是因为它是一个没有争议的常识。显然，一个强大的中央政府将威胁个人自由，因而美国联邦宪法第1条第3款明确限定了联邦的立法权力，并依靠司法机构加以实施。另外，各州也可以对制约联邦权力发挥重要作用[27]。只要保持独立，州政府就可以通过游说或诉讼挑战联邦规制或影响规制的内容[28]。因此，和新近建立的一些“族群联邦制”不同，美国、澳大利亚、德国等“经典联邦制”都是为了不同层级的政府之间相互制衡而设计的。
当然，联邦制不仅控制中央权力，而且也控制地方权力。事实上，联邦主义的经典文献——麦迪逊的《联邦党文集》第十篇——将联邦制的主要优势归结为控制地方民主的“多数人暴政”。这种国家主义论点认为各州民主和法治可能对个人自由产生严重威胁，而联邦政府则是自由的保护者。地方自治允许某一个宗派控制一个地区，但它不可能很容易控制整个联邦[29]。如果地方多数派通过法律压制少数人的权利，后者当然可以在迫不得已的情况下选择“用脚投票”，但更有可能的是它可以在联邦那里找到保护者。由于地方多数派很难控制整个国家，那些在地方受到打压的少数派往往可以受到联邦宪法和法律的有效保护。例如在1973年的“州禁堕胎案”，德克萨斯州禁止孕妇在一般情况下堕胎。在德州怀孕的妇女固然可以到允许堕胎的邻州去堕胎，但是一个成本更低也更直截了当的办法是在联邦法院挑战德州规定的合宪性，而最高法院果然判决这条规定违反了联邦宪法第14修正案对正当程序(Due Process)的保障[30]。
权力制衡的优点并不仅限于联邦制。在单一制，充分的地方自治显然也有助于控制中央权力的滥用。另一方面，地方政权可能压迫少数人，因而中央政府必须适当干预，而这在单一制国家理应不成问题。和联邦制一样，单一制的全国利益比地方更为多元化，因而中央政府压迫少数人的可能性小得多，而中央纠正地方侵权的措施甚至可能比联邦制更为有效。
加强权利保障
最后一类优势可能是联邦制所特有的，也就是和实行地方自治的单一制相比，联邦制可能更有利于权利保障。这种论点又分为两支：威克斯勒教授认为联邦制可以通过联邦政治过程保护州权[31]，布伦南大法官则强调美国联邦主义的双重权利保障——由于联邦宪法和各州宪法为各州公民权利提供了双重保障，如果联邦法院实施联邦宪法不得力，那么各州法院仍然可以通过解释各州宪法而为本州公民提供更完全的权利保障[32]。由于这些优点仅限于联邦制，在此不赘述。然而，政治过程理论可以在某种程度上适用于自治型的单一制国家。尤其是如果存在代表地方利益的参议院，地方利益可以通过中央政治过程而得到充分考虑和保障。
