但拆除的处理方式必须慎之又慎，特别是对于所建楼房已基本出售给购房者，如必须拆除，必须事先做好拆除后的各方工作，不能仅仅一拆了之，以避免因拆除而引发更多的纠纷和社会不安定因素。
（二）补办手续，核发不同的产权证
对于绝大多数已建成的小产权房，特别是已经出售给购房者，可以由法定的政府机关补发产权证，使小产权房合法化。但为区别于合法开发的商品房产权证，可根据不同情况，分别处理，核发不同的产权证。
核发产权证依法应补缴相关税金以及土地出让金。但如何补缴？这是解决小产权房最为关键、也是最困难的问题。笔者认为，我们应分清税金和土地出让金。对于开发企业依法应当缴纳的各项税金，如，企业所得税、营业税、城市维护建设税、土地增值税等等，负有纳税义务的纳税人，必须依法足额缴纳，违法严重者依法给与惩处。
对于土地出让金等费用，笔者认为，（1）原则上不由村或乡镇政府补缴该部分费金不妥当。理由是，首先，如果要求村或乡镇政府补缴，操作难度很大。小产权房一般并非由村委会或乡镇政府独资出资建设，往往是与开发商联合开发建设，按比例分成。如果强制村委会或乡镇政府缴纳土地出让金及相关费金，显然是一笔不小的资金。因此，村委会或乡镇政府获得的利益可能全部上缴国家，他们对此必将极大的抵触，不便于执行；其次，要求村或乡镇政府补缴土地出让金，村集体和农民的利益没有得到较好的保护，甚至受到了损害。一旦强制补缴土地出让金，导致村民钱地两空，势必失去生存能力；最后，集体在自己所有的土地上开发建设楼房出售，还要向国家缴纳土地出让金，有悖于法理和情理。而且，某些楼房是由当地村集体成员与集体之外的购房者混合购买居住。基于上述理由，土地出让金不宜由村或乡集体缴纳。（2）如果要求开放商缴纳，似乎也不现实。如此这样，将引发开发商与村委会或乡、镇政府之间不必要的纠纷。另外，个别开发商在将楼盘出售完毕后，或许已经解散，“人去楼空”，或者资金、财产全无，给执法工作带来很大的难度。因此，对于房地产开发公司而言，主要是要求其补缴各项税金，依法给与相应的处罚，追究相应的法律责任。
笔者认为，最好的处理方式可以分以下两种情况处理：
1、核发经济使用房产权证书或限价房产权证书
经过核实，符合经济适用房购房条件的购房者，发证机关直接核发经济适用房房屋所有权证书。符合限价房购房条件者，核发限价房所有权证书。对于该两种情况，购房条件、购房者未来转让时的转让条件等可适用经济适用房或限价房的相关规定。
