法律规定集体经济组织和村民委员会都有土地补偿费的分配权，导致出现上述问题，如果法律明确集体经济组织和村民委员会中的一个组织来行使土地补偿费的分配权，是否会在分配效果方面有所改进呢?我们认为，可能也不行。第一，农村集体经济组织作为土地补偿费的管理机构来行使分配权，既不明确，又不适应农民集体所有权行使的需要。因为农村集体经济组织要么在许多农村已不存在或者名存实亡，要么在农村又有多种类型和层次，在同一个农村里有多个集体经济组织存在，那么，到底由哪一个农村集体经济组织行使土地补偿费的分配权就很不明确，有可能会出现混乱状态。第二，如果规定村民委员会作为土地补偿费的管理机构来行使分配权，存在着政经不分的弊端。村民委员会按照《村民委员会组织法》的规定是村民自治组织，但在实际生活中它具有准政府的职能，除了发展本村经济、兴办文化、教育和其他公益事业，调解民间纠纷，维护社会治安等自治职责外，更多的是协助政府完成计划生育、税收、征兵、民兵训练、拥军优属等政府职责，同时还要应付政府各部门的检查指导、迎来送往、摊派等行为。在实践中，村民委员会相对于农民来说的权力是比较大的，且因缺乏必要的约束和监督而得以膨胀，从而可能导致乡村基层干部把土地补偿费转为办公经费，甚至以权谋私和中饱私囊，这极大地损害了农民利益。这正是由于我国土地管理法缺乏一套保障农民实际享有、行使集体土地所有权的具体途径，农民对其土地所有权缺乏实际操作性，因而各类土地管理者对土地的管理行为就不能真正表现土地所有人的意愿，对其监督也成为空谈。
因此，为了消除上述弊端，我国应明确立法规定农村集体土地所有权的成员大会(即村民大会或村民代表大会)为我国土地补偿费的分配权行使主体，由全体村民共同来行使这一权利，以避免不公正现象的发生。以村民大会或村民代表大会作为土地征收补偿费的分配主体，是符合法理和法律规定的。从法理角度而言，我国农村的土地集体所有权，实际上为民法所有权制度中的总同共有类型，其主要特点是成员资格不固定的团体，以团体的名义享有所有权，团体的成员因取得成员的身份而自然享有权利，因丧失成员身份而自然丧失权利。成员的加入可以是任意的或自然的，取得成员身份后自然享有财产权利。[4]按照当事人意思自治原则，所有权的行使应当体现所有权主体的意志，实现其利益要求，共有权的行使一般以全体共有人的协商一致为原则。我国农村集体所有权是一定范围农村集体全体成员的总同共有权，农村集体所有权的行使，要体现农村集体成员的共同意志和利益，农村集体成员大会或代表会议就是形成农村集体成员共同意志的最好形式。农村集体成员大会为农村集体所有权主体的权力机构，已由《村民委员会组织法》确定下来。土地补偿费作为集体所有土地的替代价值，是由全体成员享有的，因此，由村民大会或村民代表大会行使土地补偿费的分配权，就是他们行使自己权利的最好途径和方式。
