对于第二种情形，理论界和实务界分歧很多，困惑很多。审判实践中存在三种不同意见和做法。

　　否定说——即不允许撤回申请。基本理由是，第一、允许撤回申请构成对司法权的否定。申请是否符合《企业破产法》规定的条件，由法院行使审查权。审查权是司法权，通过司法审查，裁定启动破产程序并公告于社会，裁定和公告有绝对的对世权，企业的市场主体资格被依法冻结，企业的经营权被终止。申请人撤回破产申请，意味着市场主体资格的恢复，冻结后即行恢复，法律的严肃性视同儿戏，会造成市场的不稳定性，市场主体之间交易的不稳定性。同时，即使是审理过程中发现破产申请不符合《企业破产法》第二条之规定，使用的强制性驳回方式，法律上也没有明示申请人可以撤回申请；第二、潜在着对相对方民事权益的侵害。债务人申请撤回的，逃债的可能性不能受到有效遏制。企业要逃债，具有极大的隐蔽性，尽管破产过程中的程序变动和实体处理均要经人民法院审查，但人民法院的审查主要是形式上的审查，具有外在性，不能确保从根本上遏制债务人规避法律，损害社会利益。债权人申请撤回的，存在与债务人串通损害其他债权人利益之可能，也不为法院所控制；第三、即使是因破产企业出现重生转机，债权人认可这一转机，或者债权人和债务人和解，《企业破产法》中也有明确方式处置，即用重整和和解方式终止破产程序，待重整和和解执行完毕后，经相关权利人或责任人申请，法院裁定终结破产程序。

　　肯定说——尊重民事权利自主处分权。首先要考量破产申请行为是不是诉讼行为，或准确地讲，是不是诉讼中的起诉行为。如果是，那么撤回破产申请行为相当于民事诉讼中的撤诉行为。破产申请本质上是申请法院裁定债务人破产还债，是私法调整范畴，是债务人主动或受债权人申请债务人被动要求通过司法审查或审判，消灭债务人的法人资格，以解决债务人与债权人之间既存的债权债务关系。因此，虽然破产申请与典型意义上的起诉行为存在差异，但本质上并无二致。所以，实务界普遍认为，申请人提出破产申请，在某种程度上类似于普通民事诉讼中的起诉。申请人向法院提出破产申请是诉权主张，是行使法律规定的诉权，那么其撤回破产申请也是处分自己的权利表现，因此撤回破产申请作为申请人的一项法律权利应当允许。有学者甚至认为，破产程序是一种特殊的民事诉讼程序。民事诉讼中有当事人的撤诉制度，破产程序中也应有当事人的撤回申请制度。在现行《企业破产法》没有明确规定撤回申请制度的情况下，撤回破产申请可以适用《民事诉讼法》的有关规定，旧破产法就有此规定。旧破产法第六条规定：“破产案件的诉讼程序，本法没有规定的，适用民事诉讼程序的法律规定。”正好与民事诉讼法第一百三十一条规定：“宣判前，原告申请撤诉的，是否准许，由人民法院裁定。”相配套。肯定说认为，撤回破产申请属于申请人的诉权，破产申请人有权行使撤回权。