（3）立法的层级较低。只有《环境保护法》、《土地管理法》、《农业法》、《农产品质量安全法》等四部法律明确提到土壤污染问题，而涉及土壤污染防治的行政法规也只有《基本农田保护条例》、《水污染防治实施细则》、《农药管理条例》、《危险化学品安全管理条例》等，大量的土壤污染防治立法集中在地方法规、部门规章和地方规章之中。总体上说，涉及土壤污染的法律文件数目和层级呈金字塔形状：层级越高数目越少，反之，层级越低数目越多。这种状况使得土壤污染防治制度的适用效果大打折扣，而且一些地方的有力措施也不能得到普遍适用。例如，《浙江省固体废物污染环境防治条例》所规定的土壤风险评估和修复制度、土壤环境影响评价制度以及《沈阳市污染场地环境治理及修复管理办法》确立的联合监管制度等受其效力的限制，显然只能局限在地方适用。
2．立法内容上的缺陷
（1）重复立法较多。且不说地方立法中常见的重复中央立法和其他地方立法的现象，就是中央立法也有较多重复之处。例如：《环境保护法》（1989年）第20条、[6]《农业法》（2002年）第58条、[7]《土地管理法》第35条[8]基本上是重复立法。这说明相关立法都已经意识到应当防治土壤污染，但是关于该如何具体防治土壤污染，却不清楚。当然，这也许不是这些法律的任务。然而，重复立法无论如何也是一种资源浪费。
（2）立法冲突。由于是分散立法，各专门法律法规之间通常并无沟通，而是各自根据自身需要对土壤污染作出规定，因而出现冲突在所难免。最为显见的例子是管理体制上的冲突。如前所述，按照现行的法律法规，土地管理部门、建设行政主管部门、农业部门、环保局、质量监督部门和水行政主管部门等对土壤污染都有监督管理权。这些权力的界限并不明确，从而出现各部门于已有利时相互争权，于己不利时相互推诿。
（3）原则立法过多，可操作性差。现有的土壤污染防治立法以概括立法为主，政策性宣示的意味较浓。许多条款只是概括性地规定要“防止土壤污染”、“改良土壤”，但是具体由谁、采取怎样的措施、由谁来监管、不执行会有何种后果等都是不明确的。即使有些地方立法的规定相对具体，出现了一些制度雏形，但是内容仍然空泛，也没有配套性规定来配合其贯彻落实，因而还是缺乏可操作性。例如，《浙江省固体废物污染环境防治条例》规定的土壤风险评估和修复制度。该条例只用了一个条文就规定这两项重要的制度。[9]其中，规定“对被污染土壤应当按照国家有关规定进行清理和处置”，但事实上，国家的相关规定并不明确；规定“被污染土壤的清理和处置费用，由造成污染的单位和个人承担”，但这是远远不够的，土壤污染的修复不能仅仅由污染者承担，国外众多的立法例可以作为佐证。
