在中央与地方的关系上，孙中山主张实行地方自治，他在讲演中强调说：“国家之治，原因于地方，深望以后对于地方自治之组织，力为提倡赞助。地方自治之制既日发达，则一省之政治遂于此进步，推之国家亦然。”[7]在孙中山看来，实行地方自治，有助于建立真正的民主政治，管理好国家。
首先，地方自治有助于训练人民的政治能力。孙中山指出：“盖国民为一国之主，为统治权之所出。”[8]因此，“欲民国之巩固，必先建其基础。基础不必外求，当求诸全国国民之心中。国民而身受民全民政治是什么意思呢？就是……用四万万人来做皇帝。四万万人要怎么样才可以做皇帝呢？就是要有这四个民权来管理国家的大事。所以这四个民权，就是四个放水制，或者是四个接电钮。我们有了放水制，便可以直接管理自来水；有了接电钮，便可以直接管理电灯；有了四个民权，便可以直接管理国家的政治。这四个民权，又叫做政权，就是管理政府的权。”[3]
政府之能包括五权，即立法权、行政权、司法权、考试权和监察权。对此，孙中山于1906年在东京同盟会庆祝《民报》创刊周年纪念的演讲中，曾说：“兄弟历观各国的宪法，有文宪法是美国最好，无文宪法是英国最好。英是不能学的，美是不必学的。英的宪法所谓三权分立，行政权、立法权、裁判权各不相统，这是从六七百年前由渐而生，成了习惯，但界限还没有清楚。后来法国孟德斯鸠将英国制度作为根本，参合自己的理想，成为一家之学。
美国宪法又将孟氏学说作为根本，把那三权界限更分得清楚，在一百年前算是最完美的了。一百二十年以来，虽数次修改，那大体仍然是未变的。但是这百余年间，美国文明日日进步，土地财产也是增加不已，当时的宪法现在已经是不适用的了。兄弟的意思，将来中华民国的宪法是要创一种新主义，叫做‘五权分立’。”[4]这里的五权，除前述的行政权、立法权、裁判权（司法权）之外，他将中国历史上曾经存在过的考试权与监察权加进来，形成了独具特色的五权分立理论，目的是创建一个万能的政府：“我们现在要集合中外的精华，防止一切的流弊，便要采用外国的行政权、立法权、司法权，加人中国的考试权和监察权，连成一个很好的完璧，造成一个五权分立的政府。像这样的政府，才是世界上最完全、最良善的政府。国家有了这样的纯良政府，才可以做到民有、民治、民享的国家。”[5]
