对土地开发整理的系统性认识不够。首先，土地资源是地球自然生态系统中的一个子系统，它能为人类社会提供各种物质产品和生态效益，和人类有着十分密切的依存关系。因而土地生态系统对人类的影响具有双重性，如果合理利用，土地资源可以永续利用，且生态系统不断改善；反之，土地资源就会被破坏，不但阻碍社会经济发展，而且将威胁到人类的生存。其次，土地开发整理和国土管理工作系统中的土地利用规划、土地权属管理、矿产资源管理、建设用地审批管理和农村宅基地管理等管理工作一样，只是一项工作内容。但与它们相比，又更具复杂性和系统性。因为它又与国土管理系统以外的一些职能部门如环境保护、工农业发展、水土利用等有着密切的关系。因此，我们在进行土地开发整理的时候，绝不能没有一种全局观念，不考虑对生态环境的影响，不协调其它部门的利益，只为工作而工作，仅为整理而整理，缺乏可持续发展的观念。新时代的土地开发整理必须要考虑土地资源的可持续利用，而不能只考虑眼前的需要或近期利益。而目前还有少数地方为了发展经济乱“圈地”，开发区开而不发，土地占而不用。

　　土地开发整理的质量验收和善后管理上还欠严格。土地开发整理的效果如何？要通过质量验收来把关，新增耕地的肥力及生产力要通过不断的妥善利用才能逐渐增强，但目前我国还没有这方面的法定标准和监督管理办法。

　　要克服以上观念和认识的差距，需要通过完善法制体系来实现。土地整理政策性强、涉及面广，必须有相应的配套法规政策来保证。需要修订《土地管理法》、《基本农田保护条例》、《城市房地产管理法》，增加或补正关于土地整理办法、土地整理专项资金的管理等内容，应明确规定政府的投资义务。同时，在《环境保护法》中增加土地在生产、服务中的生态问题，建立良好的生态环境，尽量减少废渣排污，适当增加绿色植被等，营造生态系统。

　　追究土地整理中的违法行为，既是法律责权利相统一的要求，也是我国土地整理制度得以正确实施的重要保障。土地整理的违法责任既有违反法律本身所应承担的实体性责任，同时也有违反我国土地整理的规划、实施方案，编制、审批土地开发整理规划中的失误等。另外，在宏观调控诸手段上，在土地用途管制、土地利用总体规划、耕地保护等制度中，对生态保护几乎没有提及，但在整个法律制度中需要健全破坏生态的法律责任以及处罚措施。