在很大程度上，1979年刑事诉讼法的主要问题在于立法遭遇实践的反对，包括修正立法形式的反对与实务者对法律规定的规避、扭曲及违反。针对实践的挫折、立法的不彻底性，1996年3月全国人民代表大会以修正案形式通过了新的刑事诉讼法。该法出现的新变化可以从以下方面把握：于理念上，在关注犯罪控制的同时，更加明确了人权保障；于结构上，在借鉴苏东与大陆法系现代审问式诉讼模式的基础上，转向吸收若干对抗制的因素；在具体制度上，规定了在侦查阶段律师介入、控辩双方在庭审中抗辩等一系列反映上述精神的新举措。这些方向性的转变标志着中国刑事诉讼制度建设的深入推进。当然，与1979年刑事诉讼法相比，这次修改未有前次立法的幅度与深度，也未有崭新司法理念的确定与基本结构的变化，这不仅体现于立法形式的修正案方式上，也显现于变革条文（内容）的有限性之中。但因其明确地引入了先前未有的一些新型程序机制，从而进一步巩固与发展了1979年刑事诉讼法的理念与结构，较之前后的变化当属一次较为大型的转变，可界定为“大改”。
当然，对于如何评价这次改革的意义，学界未有统一认识。笔者曾认为这一改革极具革命性，批评1979年刑事诉讼立法的保守性、有限性，但随着时间的推移与自身研究的深入，笔者逐渐意识到不能过于高估这次改革的价值。因为与1979年刑事诉讼法一样，这部法律改革性条款的实践效果并不理想，还遭遇了挑战。对此，笔者在2002年的一篇论文中指出，无论侦查阶段律师介入，还是对抗式的庭审模式，事实上均未得到实践的充分回应。[11]由此，或许我们更有理由认为1996年刑事诉讼法的实际效果有限，但却巩固了1979年立法的实践效果，这也佐证了1979年刑事诉讼立法的深远意义。
（三）以连续、不断的“小改”来限制、回应或发展“大改”
在某种程度上，整个中国法治建设都有立法不稳定、修改频繁的特点，刑事诉讼的制度建设也是如此。这便是刑事诉讼法在两次大修改之后紧接着的“小改”。所谓“小改”，是相对于“大改”而言的，是指在大规模的刑事诉讼制度建设与改革之后，立法与司法实务部门针对具体实践中出现的新问题、新情况而作出有限的回应性改革。具体形式表现为立法机关针对个别条文的修改或高层司法实务部门依司法解释等形式就某一程序问题的专项规范。在这些小型的制度改革中，立法与司法实务部门的姿态或许没有“大改”那么张扬，甚至得不到学界的高度赞扬，但却往往是对具体实践的有力回应。此种现象，即制度建构基本成型后的不断修法性调整，构成了中国刑事诉讼制度现代化的重要特征。纵观近30年的刑事诉讼制度建设，“小改”主要也有两个回合。第一次是在1980年前期，主要体现为全国人大常委会作出了若干关于刑事诉讼程序的特别性规定。在1979年刑事诉讼法生效以后，很快就有了《全国人民代表大会常务委员会关于死刑案件核准问题的决定》（1981年）、《全国人民代表大会常务委员会关于迅速审判严重危害社会治安的犯罪分子的程序的决定》（1983年）、《法院组织法》的修改（1983年）、《全国人民代表大会常务委员会关于刑事案件办案期限的补充规定》（1984年）等比较重要的修正，对死刑复核权的行使、刑事办案期限、审判组织、速决程序等作出了调整。这些改革基本上是一种限制性的改革，对国家权力行使的自由度有所放松（如死刑复核权的下放），甚至部分修改还加重了对被告人权利的限制（如速决程序限制了上诉与辩护准备时间）。就表面而言，尽管这些修正是对1979年刑事诉讼法的一种“反动”，但在很大程度上是对理想型立法与现实需要的必要折中。所以，这些修正在颁布实施后很快便得到了有效执行，如一审中职业法官合议制的比率达到50%左右，办案期限的顶格运用也非常普遍。此一回合修改后，刑事诉讼法保持了长达十年之久的稳定与不变。
第二回合的“小改”发生于1996年后且持续至今，并有加快与增多的趋势。这一回合的“小改”主要是立法机关与司法实务部门对司法实践所遇到问题的回应，同时也有进一步推动刑事诉讼改革的主旨。因此，这一回合的“小改”基本没有“反动”的意味，一些具体的改革是对1996年刑事诉讼法中矛盾的解决或规则的细化，甚至是进一步的发展。如《最高人民法院、最高人民检察院、公安部、国家安全部、司法部、全国人大常委会法制工作委员会关于刑事诉讼法实施中若干问题的规定》（1998年）、《最高人民法院关于执行<中华人民共和国刑事诉讼法>若干问题的解释》（1998年）、《人民检察院刑事诉讼规则》（1997年）、《公安机关办理刑事案件程序规定》（1998年）等就是司法实务部门依据自己部门的具体情况或单独或联合而出台的。在这一系列的“小改”中，司法实务部门更有主动“出击”的意味，如《最高人民法院关于审理未成年人刑事案件的若干规定》（2001年）、《关于适用简易程序审理公诉案件的若干意见》（2003年）、《关于适用普通程序审理“被告人认罪案件”的若干意见的规定（试行）》（2003年）、《全国人大常委会关于完善人民陪审员制度的决定》（2005年）等，它们回应了中国社会转型中司法所面临的民主参与、诉讼经济化以及未成年人权益的特殊保护等问题。
