第二，在制定单行法之时，常常追求自成体系，因此，造成了法律之间可能发生冲突和矛盾。这突出表现在，一方面，各个单行法对同一概念的表述不一致，如《物权法》采“建设用地使用权”，而《土地管理法》采“土地使用权”。另一方面，新的单行法对相同事项作出新的规定，而旧法中的相关规定并没有进行修改。此外，旧法中的部分内容被新法所取代，而在新法中又没有说明二者如何衔接，导致法律适用中的困难。例如，就《劳动法》与《劳动合同法》而言，后者修改了前者中关于劳动合同的部分规定，但只是修改了部分内容，这就使得在适用中产生了问题。即哪些部分进行了修改，哪些部分没有修改，而且，没有修改且没有被《劳动合同法》规定的内容是否意味着已经被废除。再如，关于《物权法》与《担保法》之间的关系，《物权法》修改了《担保法》关于抵押、质押、留置的规定，但没有具体指明修改的内容，以至于造成法官适用法律的困难。
第三，不同的单行法对于类似事件的处理确立了不同的规则，导致法律解释适用的困难。例如，我国新修改的《水污染防治法》第85条规定：“水污染损害是由第三人造成的，排污方承担赔偿责任后，有权向第三人追偿。”该规定在修改时曾引起了激烈的讨论。但立法者从维护受害人的利益出发，规定让排污当事人无条件向受害人承担因第三人致损的赔偿责任，具有一定合理性。问题在于，一方面该法作出了新的规定，但是另一方面，《海洋环境保护法》第43条第2款规定：“完全是由于第三者的故意或者过失造成污染损害海洋环境的，由第三者承担赔偿责任。”
