但从我国当前的环境管理状况看，科学发展观在政府各部门和各级的落实存在比较大的问题。自2005年国家环保总局掀起令30个建设项目暂停的“环保风暴”以来，为制止严重违反环保法的种种现象，国家环保总局接连采取“设立区域环境监察中心”、“区域限批”、“行业限批”、“流域限批”等一系列行政措施，把它在行政自由裁量权范围内的行政管制权力几乎用到了极限。如果我们对这些案例作一考察，就可以发现，在种种环境违法现象的后面都有政府的身影，都涉及政府的不当行政行为。例如，2005年的“环保风暴”所针对的，主要是电力主管部门所主管的建设项目违反环境影响评价法律规定的行为。2007年1月首次采用的“区域限批”和“行业限批”措施所针对的，是河北省唐山市、山西省吕梁市、贵州省六盘水市、山东省莱芜市4个行政区域和大唐国际、华能、华电、国电4大电力集团的除循环经济类项目外的所有建设项目的违反环评规定的行为；2007年首次采用的“流域限批”，针对的是长江、黄河、淮河、海河四大流域部分水污染严重、环境违法问题突出的6市2县5个工业园区；同时采取的“企业挂牌督办”针对的是这些流域内32家重污染企业及6家污水处理厂。2007年5月太湖蓝藻爆发，致使无锡市居民的饮用水出现危机。这场危机暴露了太湖沿岸各地政府多年来在利用和保护太湖上的失误。据新华网2007年7月6日的一篇附有图片的特稿报道，“今年5月26日，国家环保总局检查组到安徽蚌埠鲍家沟检查，一群当地百姓跪倒在检查组面前，请求检查组督促地方政府切实解决污染问题。据反映，当地村民为了污染问题已经上告了10年，“市里来查过、省里来查过，可就是不断地查、不断地排污”。[2]上述种种现象表明，不论是在中央政府还是在地方政府，科学发展观的落实仍然是一项紧迫而艰巨的任务。
使科学发展观在各级政府和政府各部门得到落实，是事关政府的环境保护公共职能能否在政府的各级和各个部门得到一体承认的问题。这是一个值得我们高度重视的问题。在现实中，我们的政府的一部分，如环保局，努力地执行环境法律，保护环境，保护公共物品；但同时另一部分，如某些负责经济发展和资源开发的部门，有时却无视环境法，从事着牺牲环境和生态，谋求短期GDF’增长的事情。在不少的地方，由于地方政府“单打一”的经济发展观，环保部门甚至不能有效行使其法定的职能。在对待环境这个公共物品上的态度上，我们的政府中存在两种截然相反的情况。这说明我们的政府在完整地、统一地履行环境保护公共职能方面存在比较大的问题。
因此，法律如何保障政府能够完整统一地履行环境保护公共职能，应当是我国当前的环境法制建设所关注的重点。我们应当通过修订《中华人民共和国环境保护法》（以下简称《环保法》）或制定新法，从实体法和程序法上，全面加强政府的环境保护公共职能，使环境价值和经济价值在政府各个部门中真正统一起来，使我们的政府成为一个能够完整统一地行使环境保护公共职能的政府。只有政府的各级和各部门都真正贯彻落实科学发展观，那种“环保局长难当”的局面才会改观，环境保护才能成为政府各级、各部门的执政理念和决策程序中的一个必须加以统筹考虑的重要因素，环境保护才能成为我国政府公共职能的不可分割和贬损的重要组成部分。政府，特别是地方各级政府的发展观如果不转变，以牺牲环境和人民的长远福祉为代价的所谓发展就会继续存在，建设资源节约型、环境友好型社会的目标就可能落空。只有当我国政府的各级和各部部门都真心实意地接受并踏踏实实地实践科学发展观时，我国政府的环境保护职能才是统一的和有权威的。
