物权法在规定物权公示原则的一般效力的同时，多次规定“法律另有规定的除外”，表明在我国物权法中尚有法定的例外规则。以下依据不动产与动产的区别分而叙述。
不动产物权变动中有以下例外情形。（1）物权法第127条规定农村土地承包经营权的设立，采取依据合同生效原则。这样做的原因是中国农村是个熟人社会，村民和村民之间都很熟悉；尤其重要的是，确定农民的承包方案并订立承包合同的时候，法律规定要开村民大会（物权法第59条）。召开村民大会本身就是物权公示原则的应用，所以法律规定这种权利可以依据合同而直接生效。（2）物权法第158条所规定的地役权的设立，也采取依据合同生效原则。地役权的设立不是因为它已经有公示，而是该项物权一般情况下是不针对第三人的，所以在地役权的设立制度中，不必要过多考虑物权排他性以及保护第三人的规则，因此一般情况下可以不纳入登记而生效。如果当事人希望纳入登记，当然也可以。
对于以上两种导致物权变动生效的合同，如果依据物权变动的法律效果来看，当然不可以将其理解为债权合同。原因很简单，依据债权合同只能产生债权意义上的请求权，而不能产生物权；所以这里的合同只能理解为物权合同。如果不承认物权契约，就不能理解这里的立法规则，而且还容易产生债权契约产生物权的误解。从土地承包经营权设立必须召开农民集体大会的角度看（物权法第59条），这一物权的设立也是符合物权公示原则的。
动产物权变动则有以下例外情形。（1）物权法第24条规定的准不动产的物权变动，采取登记对抗主义的立法模式。该条规定，车辆、船舶的物权变动，实行登记对抗主义。立法这样规定的原因，是中国目前在现实生活中，车辆、船舶非常之多，民间转移非常频繁，要求物权变动统一登记生效是不可能的，因此立法不得已采取了登记对抗主义。（2）物权法第188条规定的建设中的准不动产抵押和第189条规定的企业抵押，也采取了登记对抗主义原则，此系因在企业抵押中财产众多，很难做到登记要件主义，尤其是企业占有物中有一些成品、半成品的情形，登记也不可能发生实际的效果。
