(1)国务院审批权。在涉及农用地转为建设用地时，由国务院行使审批权的情形有：第一，省、自治区、直辖市人民政府批准的道路、管线工程和大型基础设施建设项目；第二，国务院批准的建设项目占用土地。[3]第1种情形属于“中央对地方”或者“上级对下级”政府之间的法律监督，与《宪法》、《组织法》规定相一致。第2种情形属于国务院“自我监督”或者“自我慎思”，其实际效果取决于国务院自我拘束程度的宽严。由于在当下行政体制中已无更高层级的审批主体，且又没有比较有效的横向控权机制。所以，这样的制度设计实效性总是令人产生合理怀疑。当然，如果配套实施一个良好的国务院内部分权机制，可能会减缓这个制度某种先天缺陷所产生的弊病。
(2)市、县政府审批权。在已经批准的土地利用总体规划内将农用地转为建设用地，由原批准土地利用总体规划的机关按土地利用年度计划分批次批准。在已批准的农用地转用范围内，市、县政府有权审批具体建设项目的用地。[4]市、县政府审批权行使有两个法定条件：第一，存在一个已经过合法审批的、分批次的土地利用年度计划。第二，存在一个具体建设项目需要用地。由于市、县政府与土地使用者关系“密切”或者它本身可能就是一个“土地使用者”，所以，为其审批权行使设置较为严格的法定条件是十分必要的。
(3)省级政府审批权。除国务院和市、县政府审批的建设项目用地外，其他建设项目用地审批权由省级政府行使。[5]省级政府居于国务院和市、县政府之间，在法律地位上具有特殊意义。它既要执行国务院的决定与命令，又要顾及到地方利益，由它来行使其他建设项目的用地审批权，可以兼顾各方的利益增长，协调中央与地方的利益冲突。
2.“征收审批”程序
如前所述，征收审批的法律效果是改变所征收的土地所有权的性质，即从集体所有改变为国家所有。基于行政效率等因素的考虑，“征收审批”程序可以与“农用地转用审批”程序同时进行。所以，如果批准农用地转用程序中，同时已办理征地审批手续，那么，就不再需要另行办理征地审批。根据所涉农用地的性质、面积，《土地管理法》将“征收审批权”分别授予国务院和省级政府行使。
(1)国务院的审批权。基本农田、基本农田以外的耕地超过35公顷和其他土地超过70公顷的征收，由国务院审批。[6]也就是说，凡是征收基本农田，不论所涉面积多少，一律由国务院审批。[7]此项立法规定反映了国家对基本农田的高度保护，因为它涉及到13亿人的基本生活能否得到满足的问题，具有固本国体的重要功能。
(2)省级政府的审批权。除国务院审批权限外，其他征收土地的，由省级政府审批，并报国务院备案。(8)根据这一规定，省级政府的审批权限是征收35公顷以下的非基本农田的耕地和70公顷以下的其他土地。为了便于国务院宏观调控，法律同时要求省级政府应当将征收审批报国务院备案。
（二）公告与登记
“公告”，即县级以上政府向集体土地所有权人告知其所有的土地，经有权机关批准已被国家征收。“登记”，即被征收土地的所有权人、使用权人到法定机关就补偿事项进行申报登录。从这个程序阶段开始，征收程序呈开放性，准许被征收土地的所有权人、使用权人有权介入征收程序。
1.“公告”程序
《土地管理法》第46条第1款规定：“国家征收土地的，依照法定程序批准后，由县级以上地方人民政府予以公告并组织实施。”因为这一规定比较原则，缺乏可操作性，所以，国务院颁发的《中华人民共和国土地管理法实施条例》（以下简称《土地管理法实施条例》）第25条规定：“征用土地方案经依法批准后，由被征用土地所在地的市、县人民政府组织实施，并将批准征地机关、批准文号、征用土地的用途、范围、面积以及征地补偿标准、农业人员安置办法和办理征地补偿的期限等，在被征用土地所在地的乡（镇）、村予以公告。”依照这一规定，“公告”程序有以下几项主要内容：
(1)公告主体是被征用土地所在地的市、县人民政府。《土地管理法》规定的“公告主体”是“县级以上地方人民政府”，《土地管理法实施条例》排除了省级政府为公告主体；如果将“被征用土地所在地的市、县人民政府”中的“市”收缩解释为“县级市”，那么“省辖市”也被排除在公告主体之外。
(2)公告内容是批准征地机关、批准文号、征用土地的用途、范围、面积以及征地补偿标准、农业人员安置办法和办理征地补偿的期限等。用“等”加以修饰，应解释为“等”之前所列举的内容是法定公告的内容，公告机关必须全部予以公告；其他与征地有关的内容是否需要公告，可以由公告机关裁量决定。
