立法缺陷是学界长期批判巨额财产来源不明罪的事由，以上就是本文在立法上完善该罪的一点建议。此外，一般认为司法机关面对的问题还有：（1）说明来源合法的强制程度和方法。（2）调查取证困难，行为人不配合影响案件侦破效率。（3）刑事证明责任的具体内容和程序结果。（4）与贪污贿赂犯罪之间的界限。针对司法上的难题，根本解决方法是完善立法。目前，应该坚持：（1）应该强制说明来源合法，如果不能说明来源合法则认定为非法所得，对于行为人说明的来源应一一查证是否属实。（2）侦查机关需证明财产或者支出明显超过收入，在行为人不能说明理由后仍负证明有罪的责任。（3）加强侦查技术升级力度，分清是否为贪污贿赂犯罪所得，只有无法认定为贪污贿赂犯罪所得才可认定为本罪。

　　5.5 财产申报制度刍议

　　打击和预防贪污腐败犯罪是一项综合性工程，在巨额财产来源不明罪设立和适用过程中，有一股设立拒不申报、虚假申报财产罪作为本罪前置制度的强烈呼声，也有学者呼吁设立拒不申报、虚假申报财产罪取而代之。关于如何处理二罪直接的关系，有以下几种观点：（1）取消巨额财产来源不明罪，增设拒不申报、虚假申报财产罪。（2）在保留巨额财产来源不明罪的同时增设拒不申报财产罪。（3）取消巨额财产来源不明罪，以贪污罪或受贿罪论处。（4）保留巨额财产来源不明罪，完善刑法第395条第1款的内容。[31]因此，有必要澄清巨额财产来源不明罪与财产申报制度之间的应然关系。

　　遗憾的是，我国目前仍没有一套可行的、具有法律效力的财产申报制度或者法律法规。尽管1995年4月出台《关于党政机关县（处）级以上领导干部收入申报的规定》和《关于对党和国家机关工作人员在国内外交往中收受礼品实行登记制度的规定》，1997年3月颁布了《关于领导干部报告个人重大事项的规定》。⑸但是上述文件只是针对一定级别以上的国家工作人员，也包括一部分非国家工作人员的其他国有单位领导人；申报的内容上过于狭窄，无法动态的审查和评价其财产来源的合法性。而且这项规定只是一项政策性规定，法律地位不明确，欠缺一定权威性。令人振奋的是，2009年1月1日新疆阿勒泰地区试行官员财产申报制度，引起了轩然大波。那么应该如何正确对待巨额财产来源不明罪与官员财产申报制度之间的关系？本文认为，官员财产申报制度作为反腐机制，不宜作为巨额财产来源不明罪的前提义务来源，但可以作为公务员法的配套制度。建立国家公务人员的财产申报制度和离任审查制度，使国家工作人员的财产状况始终处于国家的有效监管之下，有助于防止出现巨额财产时才发现其来源难以查明的失控状态。同时，与这一制度相配套的需要建立一个独立的，公正的监管机构。这个机构负责对于申报的材料进行系统化、透明化的管理。因此建议由审计部门来对相应的各级国家工作人员及其家属的财产情况进行监督和审查。虽然我国不少学者呼吁行政公开的“阳光法案”，但这还有一个漫长的制度建立过程，设立财产申报制度的构想任重道远。