首先对公证利益追求的目的存在不同，合作制公证处以及那种所谓自收自支的事业法人公证处在这种三体制并存的局面中必然成为经济利益最大化的追逐者；在公证执业范围相对固定、公证案源相对确定的情形下，由于不同公证机构所获得的公证运行成本来源不同，在相同的收费标准下，合作制公证处与差额拨款的公证处必须面临远远大于国家全额拨款的公证处的经济压力，以低于国家（地方）标准收取公证费为代表的不正当竞争方式必然盛行，而低廉的收费又可能导致公证质量低劣，公证处偏离公证立场而沦为专为满足公证人的要求的服务机构，导致公证的公共利益特征的严重丧失。其次是公证机构独立行使职能，独立承担民事责任方面出现差异。事业法人和合作制公证机构基本能符合立法这一要求，但行政体制的公证机构由于人员、经费全部来源于国家（地方）财政拨款，它一方面无法独立承担民事责任，另一方面它与主管的司法行政机关存在着非常强烈的依附关系，因而它也无法独立行使公证职能。
对机构的改革确实也存在着理论上的合理与现实中的不可行的矛盾。如果按照《公证法》所定位的公证机构来推动现行公证机构的改革，则全国51%的公证机构将被脱钩改制为合作制或者“自收自支”（这是保持两独立所必需的）的事业法人。而由于这51%的公证机构所在中西部地区本身就存在公证业务不发达的问题，相当数量的公证机构在失去国家（地方）的人员和财政支持后将在改制过程中无法存在下去。当地居民就可能无法至少是非常困难地“购买”到“公证服务”这一具有公共利益性质的产品；如果为了实现公证机构性质的统一而把合作制和“自收自支”性质的公证机构改革成行政体制的公证机构，尽管这可能解决公证机构存在的“营利”问题，但却又使其丧失了公证机构“两独立”的性质和价值；而如果允许不同组织形式的公证机构在不同地区同时并存，则前述已经存在的问题仍将继续存在。当然，《公证法》的规定从立法的角度而言，问题应当被视为解决了，而实践中能否在全国范围内出现或者创制出“不以营利为目的，独立行使职能，独立承担民事责任”的规范的证明机构，就是一个困难而复杂的“行政”问题[27]。
五、公证的救济问题
无论是公权力还是私权力，其行使都必然对相关人产生相应影响，其差别只是程度不同，或者说这种影响是否引起法律（立法者）作为一个法律应当关注的问题加以关注。对“权力”的正当合法行使所采取的措施属于“对权力的监督或制约”，对“权力行使结果进行补偿或赔偿”，属于救济，两者紧密联系，可以通过同一途径并在同一过程中完成。我国现行公证制度具有相对较强的公共职权色彩[28]。因此，国务院1982年4月颁布的《中华人民共和国公证暂行条例》和司法部颁布的《公证程序规则》（2002年6月修订）都对公证行为确立了类似于对国家行政机关的行政行为的监督和救济方式及途径。
由于《公证暂行条例》颁布时我国尚未确立专门的行政复议制度，因此该条例对于发现“已经发出的公证文书有不当或者错误的”，公证处或者它的同级司法行政机关、上级司法行政机关应当撤销。作为上世纪80年代我国新时期法治建设初期的立法，该条例的上述规定具有鲜明的时代痕迹。首先是“救济”主要立足于公证主管机关及公证机构的“自我纠错”功能，而不是来自外部的审查和监督；其次是启动救济或者“自我纠错”功能的权力在于公证主管机关及公证机构的“发现”而不是公证当事人的申请，至于什么是发现，发现的法定方式和途径都没有明确具体的规定；第三是对于“不当”和“错误”的范畴也没有进一步界定，是否所有错误或者不当都应当撤销公证书也没有相应考虑。但无论如何，公证当事人可以据此撤销那些直接影响其权利状态，又确存在不当或者错误的公证书，换言之，公证当事人因此而获得了对“公证书”说“不”的权利。
司法部《公证程序规则》对国务院《公证暂行条例》的规定进行了较大程度的修改和细化，首先是明确了公证当事人在公证救济程序中的地位和作用，规定他们可以通过申诉和申请复议的方式要求撤销不当或者错误的公证书，而在此后公证实践中，公证当事人（含利害关系人）的申诉和复议申请实际成为公证主管机关和公证机构“发现”的主要途径和方式；其次是具体界定了公证书“不当”和“错误”的范围，并针对不同“不当”和“错误”规定了不同的救济方式；第三是通过规定对公证当事人申诉和复议申请处理的时限和方式要求，使公证救济由单纯的行政性“自我纠错”机制转变为一种更具对行政的监督和制约方式。相比较而言，《公证暂行条例》体现的是对行政权力合法正确的行使的强调，而《公证程序规则》则更多地体现为对当事人权利的救济[29]。
