如果我国现行公证体系中的公证机构具有同样的组织形式，或者虽然具有多种不同的组织形式但并不对公证功能的发挥产生影响，那上述有关公证机构性质的任一种表达都可以认为是适当的，因为不论什么组织形式的公证机构，只要它能不以营利为目的，独立行使公证职能，独立承担民事责任就符合《公证法》的要求，但问题恰恰在于，在我国不同组织形式的机构本身就意味其发挥功能作用的途径可能并且在很大程度上一定不同，其承担责任的方式也不会相同，《公证法》对于公证机构在职能上的相同要求，必定无法通过不同组织形式的公证机构得到同样的实现[25]。
行政体制和经济体制的改革在很大程度上与法律关系的主体（在法律条文中往往表达为企业、组织、行政机关、团体、公民个人等不同种类型，不同的法律的表达略有不同）的定位及权益配置和实现途径存在密切关系，其中有关企业、组织、团体等非自然人的机构的性质的确定总是体制改革的一个重要工作，同时也是一个难以回避的问题。
就我国现有的法律规定而言，国家权力机关、行政机关、司法机关、政协、执政党的各级组织等可以视为具有国家机关性质，人员视为具有公务员身份。就权力特征而言，他们行使的是国家公共权力，具有一定的主权豁免，同时也承担国家赔偿责任；就机构运行而言，它们的全部运作成本来源于国家（地方）的财政拨款，人员都纳入国家公务员系列进行管理。这一特征在20世纪80年代以前更加具有普遍性，几乎所有的国营企业、社会团体和组织及其工作人员都具有同样的法律地位和特征。
自20世纪80年代开始的经济体制和行政体制改革首先是从国家管理的角度区分了行政机关与国有企、事业单位、团体、组织，使管理与经营区别开来。职能的区分带来有关机构运行方式的变化，国有企、事业单位在获得国家财政拨款方面以及人员待遇方面与国家机关及其工作人员具有明显差距（同时，在有关职务犯罪方面也有了明显的不同）。市场经济的发展促进了非国有经济主体的发展，相对于完全私有化（民营、私人经济组织）的经济实体而言，国有企、事业单位仍然可以从国家地方获得全部或者部分的财政拨款（全额和差额）进行运行，其工作人员还能在某些特定领域（医疗、阅文、参加会议）享有国家公务员相同的待遇。在法律的特定领域，准国家行政机关还享有不同于私有经济实体的保护权。而相比较于国家行政机关，这些企业、事业单位又有法人财产权，可以自主经营其拥有的国有财产。
基于这些差别的存在，《公证法》自启动立法始就面临着“公证机构的性质”问题。我国现行公证机构的状况如下：目前在全国已建立3000多家公证处中，行政体制的有1623家，占51%；事业单位的有1463家，占47%；合作制的38个，占1%左右。在近19000名公证人员中，属于行政编制的有近6500人；事业编制的有7000人；其他身份的5000多人。就组织性质而言，在公证体制中三种不同性质的机构与三种不同编制人员的并存现象构成我国目前公证机制一大特色。但问题在于，三种不同性质的公证机构和人员之间的差异却是非常明显并且具有实质影响力[26]。
1、就机构情况而言，行政性质的公证处属于国家行政机关系列，其在编公证人员属于国家公务员，机构运行成本全部来源于国家（地方）财政拨款，其公证收入（应当）全部上交国家财政，其也不能独立承担公证关系中的民事法律责任。同时，这类性质的部分公证处还有事业编制和其他身份的工作人员存在；
2、事业性质的公证处属于国有事业单位，其机构和人员编制均纳入国家编制管理体制之中。其运行成本全部或者部分来自国家（地方）财政拨款，其公证项目收入按规定交纳税收后，弥补国家（地方）财政拨款不足部分。同时它也应当独立承担民事法律责任。当然，现实中还存在一种自收自支的事业法人公证处，它们的运行成本全部来源于业务收费。这类公证处中往往拥有相当数量的其他身份的工作人员；
3、合作制公证处的机构和人员编制不属于国家编制管理范围，它是按照法律规定登记和设立，其运行成本全部来源于公证项目收费，人员工资报酬也同样出于此。它独立承担民事法律责任。
这三种不同的公证机构在目前的制度安排又体现为如下方面的同一：一是收费项目的标准基本同一，其中只是在不同地域，“改制”和“非改制”的公证机构略有区别。二是承担责任方式基本同一，依全国统一的公证保险基金制度承担部分民事责任（责任范围、承担形式）；三是执业范围的确定标准基本相同。这种不同性质公证机构在公证实务问题的制度安排基本趋同的状况就必然导致如下问题的出现：
