此外，供应商资格、招标代理机构、废标及其处理、法律责任等方面，招标投标法与政府采购法的规定也存在诸多差异。

　　二法不同规定，在实践中也导致不少混乱，如选择性适用法律，各方均倾向选择适用对自己有利的法律规定等问题。而中国政府采购第一案则是其中典型代表。

　　中国政府采购第一案的争议始终集中在财政部到底有没有监管权。该案所涉及的招标采购项目中，采购人为国家机关，采购资金来源包括中央预算内专项资金、地方财政资金等财政性资金，且采购的医疗设备在政府集中采购目录及标准之内，完全为政府采购法规定的中央预算单位的政府采购。又根据政府采购法规定，财政部为中央预算的政府采购的监管部门。

　　事实上，在制定政府采购法各类相关配套规定、出席各大官方会议论坛时也均是以政府采购监管部门身份出现。

　　因此，供应商向财政部投诉上述政府采购活动中存在的违法之处完全于法有据，但财政部却以《国务院办公厅印发国务院有关部门实施招标投标活动行政监督的职责分工意见的通知》（国办法［2000］34号）规定为由拒绝受理投诉。

　　但财政部这一依据显然不合法理。我们都知道，政府采购法与《国务院办公厅印发国务院有关部门实施招标投标活动行政监督的职责分工意见的通知》，一为法律，一为行政法规，法律与行政法规之效力不言而喻，且政府采购法又为新法，按照立法法规定，新法优于旧法，自然在政府采购监管方面也应首先遵循政府采购法。