1. 社会本位是反垄断法及其适用除外制度的根本价值取向。所谓社会本位是“在对经济关系的调整中立足于社会整体，在任何情况下都以大多数人的意志和利益为重”[17] ，以社会利益和社会责任为最高准则。
反垄断法的适用除外制度在一定程度上限制竞争，看似与反垄断背道而驰，但事实上，它所体现出的价值与反垄断法是一致的。反垄断法的终极价值目标是通过对竞争秩序的维护，优化配置资源，实现社会的整体效益，这也是经济法的根本价值。依此目标，凡危害社会整体利益的垄断，反垄断法均应予遏止；反之，凡有一定合理性，对社会整体利益有利的垄断，则应予允许甚至鼓励。
所以，适用除外制度的根本价值目标也正是社会整体利益。而且，适用除外制度以其灵活性，可以补充反垄断法在维护国家整体经济利益和社会公共利益方面的不足。在适用除外领域，“经济自由”、“个体效益”均需让位于社会整体利益。
社会本位的价值取向蕴涵于当代反垄断立法中，不仅表现为理念，而且具有可操作性。如我国台湾地区《公平交易法》第14条明确将“有益于整体经济和公共利益”的“联合行为”排除在反垄断之外；德国《反对限制竞争法》第8条“部长特许” 的理由就是“出于整体经济和公共利益的重大事由必须对竞争进行限制”。
2. 效率与公平的协调是反垄断法适用除外制度的任务。“平等和效率(的冲突) 是最需要加以慎重权衡的社会经济问题，它在很多的社会政策领域一直困扰我们。”[18]公平正义的要求容易在真理的道路上多迈出一步，变成平均主义，在有损效率的同时也危害了公平本身；效率强调个体利益和经济的发展，却可能拉大贫富差别、形成社会鸿沟。对公平和效率的协调是法律的重要使命之一。反垄断法的适用除外制度，除了立足社会本位之外，价值链的中心环节同样是效率与公平。
当然，反垄断法适用除外制度注重的公平是实质公平和社会公平，效率是社会整体效率。[19]如果公平和效益二者发生冲突，“经济法之内在要求和宗旨，不容许任何有损社会利益和优良道德的效益之存在，宏观经济效益和社会公共道德、秩序应该优先于局部或个别之效益，长远利益应该优先于一时之效益”。[20]适用除外制度允许有利于国民经济的垄断，可以提高社会整体效率、促进经济发展；同时遏止妨碍社会整体效益的垄断行为，保障市场主体的公平竞争，以激发并维持持久的效率。
