《行政法院组织法》共12条，下不设章。新《行政诉讼法》共27条，也不设章。这两个法律所规定的行政法院的组织及诉讼程序，有延续原来平政院制度的，也有一些新变化的内容。
与平政院相同或相似的制度，就组织方面言，主要体现在：行政法院置院长1人，综理全院行政事务（行政法院组织法第2条）；行政法院分设二庭或三庭（同法第3条）；行政法院之审判，以评事五人之合议行之（同法第5条）。此外，关于评事的任职资格、评事包括司法官与行政官吏两部分等也与以前的规定相同（同法第4、6条）。就诉讼权限与程序言，与以前制度相同或相似的内容主要体现在：行政诉讼采概括主义（新行政诉讼法第1条）；对于行政法院判决，不得上诉或抗告（同法第3条）；得命令利害关系人参加诉讼（同法第16、17条）；行政诉讼一般无停止原处分或原决定执行的效力（同法第9条）。此外，行政诉讼诉状及其他一些程序也与过去的相似。
与原来的平政院制度相比，也有一些新变化。行政裁判机关的名称由原来的平政院改为行政法院；行政法院属于司法院；行政法院无肃政厅的设置，因而也无由肃政史提起行政诉讼的制度；无就地审判制度；无诉讼当事人不得撤回诉讼的规定；民事诉讼为行政诉讼的先决问题时，没有规定等到民事诉讼确定后而再行审理行政诉讼；完全采取诉愿前置原则；规定评事的保障准用推事保障之规定；提起行政诉讼得附带请求损害赔偿；采取书面审理主义，但行政法院认为必要，或依当事人的申请，得为言辞辩论；得提起再审之诉，等等。
从上面的对比可以看出，尽管国民政府的关于行政法院的立法与平政院的有所不同，但从体制上说，按照历史的惯性，采用的仍然是大陆法系的模式，立法方面如果说仍与日本的行政裁判法相似也是立得住脚的。现对其中有些规定的得失作些分析。
第一，关于行政法院的属性。如前所述，平政院隶属于大总统，是行政机关，而行政法院则属于司法院，这是行政裁判机构在民国初期与南京国民政府时期最大的不同之一。把行政裁判机构从行政组织系统中分离出来，在司法院里面设置行政法院，依法管理行政诉讼审判事宜，这与英美法系的体制及与大陆法系的法国、日本等均有差异，而与德国、奥地利的较为相似。对照原来平政院的性质，这是国民政府时期的一种新创的制度。民国初期有许多学者主张行政裁判要从司法机关独立的理由已在前文加以阐述，主要是普通司法官欠缺行政法知识和行政经验及损害司法独立两个方面。而现在司法院中另设行政法院，学者一般认为不会发生上述两个弊端。这是因为一方面，设立行政法院当然可以任用富于行政法知识和行政经验的法官；另一方面，司法院是国民政府最高司法机关，处理一切审判事件，那即使行使行政裁判的职权也不算侵害行政独立，因为这是司法机关对于一切法律上讼争事项加以裁判，绝非干涉行政机关的事务，也不违反裁判的实质上的意义，而只是事务上有牵连的关系，权力却依旧是分立的 [46]。
与行政法院的属性发生变化紧密相关的是，评事的性质和地位也应发生一定的变化。民国初期，平政院直接隶属于大总统，行政诉讼的作用，实质上不过是行政监督而已，平政院具有行政机关的性质，故规定曾任荐任职三年以上之行政官也有评事资格，每庭评事五人中只须有司法官出身者一人或两人，大部分评事均以行政官员充任。而现在的行政法院为法院之一种，隶属于司法院，行政诉讼成为人民权益受侵害时之法律救济途径，体现了行政诉讼司法化的立法倾向，这比较符合现代法治国家行政诉讼发展的趋势。
行政裁判机关的性质发生了变化，内部组成人员的性质和地位也应发生相应的变化。行政法院组织法第9条规定，评事之保障，准用关于推事保障之规定。除此之外，其他的变化不大。规定任职评事的资格之一仍是曾任国民政府统治下简任职公务员2年以上（第6条），每庭的评事只要两人曾任法官，其他多数评事仍得由行政官充任（第4条）。关于评事的保障，如前所述，只是简单的一条规定，而且只是“准用”，而非“适用”，这与原来平政院时期的法律对平政院评事的保障的不厌其详的规定相比，可以说反而退步了。行政法院为全国唯一的行政审判机关，又为直属于司法院的机关，其评事的地位，和最高法院推事相当，上述关于资格、保障的规定，不免失之妥当。因此在严格规定评事资格条件的同时，应加强对评事地位的保障制度的建立。
第二，关于概括主义与损害赔偿。新行政诉讼法关于行政诉讼的事项也沿用旧制采用概括主义，这与奥地利的体制相同。采用概括主义可以适应社会变迁，便于保障人民权利，避免列举主义可能产生的挂一漏万。而相对于旧制不同的是，平政院不得受理请求损害赔偿之诉讼，而行政法院，则依新行政诉讼法第2条的规定，得附带审理请求损害赔偿之诉。在立法上说，较以前的规定有进步。这也体现了对国外学说和法例的借鉴。
行政法上的损害赔偿问题，是指国家对于公务员因执行行政职务，违法损害人民权利的行为，应否承担损害赔偿责任的问题。从学说上看，在20世纪之前，基于国家主权绝对及过失责任的原则，基本否定国家的损害赔偿责任，公务员即使在执行职务故意或过失违法侵害他人的权利，仍是公务员个人的行为，而非国家的行为。20世纪初至第一次世界大战前，学说上逐渐出现折中主义，也就是说，国家应否负赔偿责任，应视公务员代表国家执行职务的性质及国家所处的法律地位而定。国家的行政作用分为权力作用和非权力作用，如果公务员代表国家执行属于国家权力的职务，即是公法上行为，这不能适用民法上损害赔偿的规定，而如果公务员代表国家实行的是属于非权力作用的行为，而损害人民权利的，则应适用民法规定，负赔偿责任。当时大多数学者持此学说的基点是，把国家的非权力作用所发生的损害赔偿问题也列为行政法上的损害赔偿。第一次世界大战以后，对国家赔偿责任大多持肯定的态度，也即承认国家对于公务员因执行行政职务的侵权行为应负担损害赔偿责任。 [47]
从立法例上看，最早确立国家赔偿责任的主要国家是德国 [48]。早在德意志帝国成立之前，有些邦的立法及理论上对此就有过探索。1900年实施的《德国民法典》对赔偿责任作了较为详尽的规定：公务员合法行使公权力对第三者造成损害的适用该法的第31条的规定，由国家或其他公法人承担与私法人同样的赔偿责任，而公务员违法行使公权力对第三人造成损害的，适用该法第839条的规定，由公务员个人承担民事责任。这体现了以公务员个人赔偿为基础的侵权责任赔偿原则。
1910年德意志帝国颁布的《帝国责任法》奠定了国家赔偿制度的基础，该法第1条规定：国家公务员在行使公权力的过程中，因故意或过失违背对第三人的职责时，国家代替公务员承担民法第839条所规定的赔偿责任。这较原来的更是进了一步，因为按照此条规定，国家不但对于公务员非权力作用的侵权行为负担损害赔偿责任，而且对于由于权力作用而发生的侵权行为也要负担赔偿责任。这为1919年的魏玛宪法所继承，其第131条规定：“公务员行使所受委托的公务，违反对第三人的职责的，原则上由公务员所属国家或公共机关负责任，不得起诉公务员。但国家保留对该公务员的求偿权，依普通司法程序提出的诉求，不得拒绝”。魏玛宪法是世界上第一个明确承认国家应负赔偿责任的宪法。作为现代时期的第一部宪法，它的这一规定不仅奠定其后德国行政赔偿制度的基础，而且，也为其他国家所效仿。
