案情复杂、期限届满不能终结的案件，可以延长羁押1个月，但要由上一级检察院批准；
涉及交通不便、犯罪集团、流窜作案以及犯罪涉及面广、取证困难的重大复杂案件，可以延长羁押2个月，但要由省一级检察院批准；
上述四种重大复杂案件中的嫌疑人可能被判处10年有期徒刑以上刑罚的，可以延长羁押2个月，但要经省一级检察院批准；
在侦查期间，发现嫌疑人另有重要罪行的，自发现之日起重新计算羁押期间，已经完成的羁押期间忽略不计；
犯罪嫌疑人不讲真实姓名、住址，身份不明的，羁押期间自查清其身份之日起计算；
因为特殊原因，在较长时间里不宜交付审判的特别重大复杂案件，由最高人民检察院报请全国人大常委会批准延长羁押期间，不受法定羁押期间的限制……
以上是侦查阶段羁押期间延长的几种主要情形。但在司法实践中，公安机关还有权将其行使的行政处罚措施作为刑事强制措施使用，以弥补侦查期间的不足，保证调查取证尤其是获取有罪供述的需要。例如，公安机关可以对一些嫌疑人采取劳动教养、收容教育等手段，使其不计算在正式刑事羁押期间之内。在姚成功案件中，公安机关就对作为杀人嫌疑人的姚成功两次采用行政拘留措施。在中国的刑事司法实践中，犯罪嫌疑人只要被批准逮捕，公安机关几乎普遍有着这样一种心理倾向：对嫌疑人的羁押与侦查永远相伴，羁押期间实际与办案期间完全合而为一，方能达到控制犯罪嫌疑人、获取供述、侦查破案的目的。
对于检察机关自行侦查的案件，羁押期间的计算与公安机关侦查的案件有明显的不同。检察机关一旦对某一犯罪嫌疑人采取了刑事拘留措施，就可以将其持续羁押14日，然后决定逮捕或者其他强制措施。逮捕后羁押期间原则上为2个月，但此后的羁押期间的延长却完全由检察机关根据侦查的需要自行决定。如果说在公安机关侦查的案件中，一些延长羁押的决定还要由检察机关作出的话，那么检察机关自行侦查的案件则完全由其自行决定羁押的延长问题。这就带来了一个危险：检察机关很可能出于侦查破案的需要，任意地延长羁押期间，因为它对羁押期间的延长无需取得任何其他机构的批准。司法实践中检察机关与公安机关的超期羁押情况“平分秋色”、“不分伯仲”的现实，表明超期羁押绝不仅仅是公安机关侦查活动特有的现象，而成为所有侦查活动中普遍存在的问题。
