基于上述的正反两方面的论述，笔者认为，应继续坚持我国现行的诉讼期间行政执行的双轨制。当然，这并不是说，现行的双轨制就是完美无缺，它也有其缺陷，此即：“不停轨”中的依申请停止执行的例外条款被虚置。下面笔者就简要分析其缺陷并提出相应完善建议。
三、依申请停止执行制度的立法完善
如果依照笔者在前面的建议，把行政诉讼法第四十四条规定仅仅局限于“行政机关有强制执行权并自行执行的情形”，那么，双轨制的“不停轨”便有一个很严重的缺陷：在三项例外情形的规定中，依申请停止执行原则在实践中被虚置。这在复议法的第二十一条上体现得更明显。
就“不停轨”而言， 不停止执行原则的基础是行政行为的公定力，目的是要维护积极作为的行政秩序，促进公共利益。但是，该原则并不是绝对的。在有些情况下，行政行为暂停执行并不会损害公共利益，行政行为不停止执行却有可能损害重大的基本人权。基于这些考量，为保障基本人权，为平衡公私权益，复议法和诉讼法还设置了例外规定。《行政复议法》（第21条）规定的例外是：“有下列情形之一的，可以停止执行：（一）被申请人认为需要停止执行的；（二）行政复议机关认为需要停止执行的；（三）申请人申请停止执行，行政复议机关认为其要求合理，决定停止执行的；（四）法律规定停止执行的。”诉讼法的例外是：“诉讼期间，不停止具体行政行为的执行。但有下列情形之一的，停止具体行政行为的执行：（一）被告认为需要停止执行的；（二）原告申请停止执行，人民法院认为该具体行政行为的执行会造成难以弥补的损失，并且停止执行不损害社会公共利益，裁定停止执行的；（三）法律、法规规定停止执行的。”
这些例外情形，大致可分为依职权停止执行和依申请停止执行两种。依职权停止执行的情形在实践中还是常有的。但是，依申请停止执行的做法，几乎很少见，这最集中地体现在规划许可和强制拆迁领域等城建领域（行政机关自己拥有强制执行权）。以广州市为例：十多年的复议实践中，依申请停止执行的做法仅有一例；[15] 法院的行政审判实践，则从未有过依相对人申请而裁定停止具体行政行为执行的案例。[16]这种状况不仅违背立法的原意，对相对人权益保障来说也非常不利的。之所以会出现这种局面，主要是因为：第一，复议机关和人民法院在该问题上的自由裁量权过大：停与不停完全由复议机关或法院说了算，后者也无须为此承担任何责任；尤其是复议法，它规定依申请停止执行的条件极其模糊：只是“行政复议机关认为其要求合理”，这种“大而无意”的措辞更扩大了复议机关的自由裁量权。第二，复议机关和法院不独立：复议机关和被复议行为有共同的利益，服从共同的领导，自然要偏袒被复议的行为；人民法院也不愿和行政机关正面冲突，既然裁定不停止执行并不违法，而且还能避免这种冲突，所以它自然就会采取多一事不如少一事的态度，裁定不停止执行。
