日军对于这些集体屠杀，认为死者的尸体被投诸江中或焚为乌有，就自以为无罪迹可寻，但是在大量的证据面前，这些暴行已经是铁案如山、不容抵赖的了——在汉中门外、中山码头和下关草鞋峡，我国共有65000多无辜同胞被日军杀害。在抗日战争胜利后，南京还发现了好几处“万人坑”、“千人冢”，其中在灵谷寺旁的一处且有敌伪时期南京督办高逆冠吾为三千余无主孤魂所立的一块碑文。这些坑冢无疑的是日寇搞集体屠杀的罪证，是他们使用活埋这一种屠杀方法的有力证据。通过法医对挖掘的数千具尸骸检验的鉴定报告推定：集体活埋确是日军使用的集体屠杀方法之一。
日军在南京的滔天罪行，除了任意屠杀我国同胞之外，便是随时随地强奸我国妇女。其次数之多，情状之惨，被称为世界之最。因此，在世界舆论中，“南京屠杀事件”有时还被称为“南京强奸事件”。从东京国际军事法庭认定的事实来看，日军在南京实施的强奸和杀人经常是连在一起的。日本军队在强奸之后通常是把被奸的妇女、甚至连同她们的家属子女一齐杀掉。
据此，梅汝璈法官认为，奥斯威辛的大屠杀和南京的大屠杀在性质上和方法上都是不尽相同的。首先，奥斯威辛的屠杀是根据纳粹的种族仇视政策和希特勒政府的直接命令有计划、有系统的屠杀，并且是用一种方法（毒气）进行的；而南京大屠杀则系在长官的放任纵容下由日本兽军不分青红皂白、随心所欲地胡干乱干的。其次，在奥斯威辛那个遗臭万年的“杀人工厂”里，它是把所有的屠杀对象分批地、集体地送入毒气室用烈性毒气在几分或几秒钟内杀死的；而南京大屠杀则除了集体屠杀之外，大都是由日本兽军个别地或成群地随时实行的，在屠杀之前大都先加以侮辱、虐待、抢劫、殴打、玩弄或奸淫。德军的屠杀大都是单纯的屠杀，而日军的屠杀则是同强奸、抢劫、放火及其他暴行互相结合的，其屠杀的方法是五花八门、无奇不有的，狂虐残暴的程度是世界历史上所罕见的{4}（P. 302）。
2. 东京法庭对南京大屠杀罪魁的惩治
东京国际审判记录了我数十万人民于日寇铁蹄下的悲惨命运，用事实展示了一幅活生生的“人间地狱写真图”。尽管如此，东京国际审判还是运用国际法律的规则来对实施南京大屠杀的罪犯追究其个人刑事责任。
松井石根是一个应对南京大屠杀负有主要责任的人。攻陷南京城并进行残酷屠城的共有4个师团，即谷寿夫第六师团、中岛第十六师团、牛岛等十八师团、末松第一一四师团。而统率所有这四个师团则是松井石根大将。他当时是日本华中派遣军总司令官，也是攻打南京的最高统帅，因此他对南京大屠杀无疑的负有最高的责任。正是因为这一原因，松井石根被列名于日本“甲级战犯”之中，是在远东国际军事法庭受审的28名日本首要战犯之一。在东京审判中，松井石根就是根据“指挥官责任”原则而被定罪的。
在追究个人刑事责任的理论和实践中，“指挥官责任”已成为一个常用术语，也是追究高级军事指挥官和社会高层官员个人刑事责任的一个重要理论依据。
从法律方面来看，指挥官的刑事责任一般是指这两种情况：（1）指挥官命令下属或其他人员实施犯罪；（2）指挥官知道或者应当知道其下属将要实施犯罪而没有采取必要、合理的措施来阻止犯罪，或是在行为发生后知道但没有采取必要、合理的措施来惩罚罪犯。
根据“指挥官责任”（command responsibility）原则，军事指挥官如果“知道或者由于当时的情况理应知道”其部队正在实施或即将实施犯罪行为，以及该军事指挥官没有采取在其权力范围内的“必要而合理的措施”以防止或制止这些犯罪行为的实施，那他（她）也应对这些犯罪行为负刑事责任。
根据国际法中关于指挥官责任的理论，一个上级（指挥官）在其部下实施了战争罪、反人道罪或种族灭绝罪等国际犯罪行为时、如果知道或者应当知道正在或将要实施的这些犯罪行为而没有采取合理、必要措施来阻止或惩罚该犯罪者，则不能免除该上级（指挥官）的刑事责任。
国际法中之所以有指挥官责任这样的理论，是因为在像军队这样等级严格的组织中，指挥官因为其地位而具有法律上的责任。如果军队行为没有受到指挥官的命令限制，就一定会有违法犯罪行为。国际人道法的目的是保护平民和战俘不受残酷地对待，要实现这个目的就需要指挥官尽责。
在远东国际军事法庭对松井石根的审讯中，松井石根试图为他所犯下的罪行进行开脱。在中国检察官向哲浚和美国检察官莫罗出庭指控以松井石根为首的侵华日军使中国南京居民深陷极大的痛苦和暴力之中，妇女遭到野兽班的奸淫，一群群侵华日军暴徒用枪弹、刺刀不停地制造举世罕见的死亡和恐怖等事件之后，松井石根出庭为自己辩护。
松井石根为自己辩解说：“虽然我采取了一切必要的预防措施，但我的部队攻占南京时，在一片混乱的情况下，大概还是有一些情绪失控的士兵和军官干出胡作非为的事情来的。这是十分遗憾的，我是后来才听到这种过失的。”莫罗质问道：“你作为进攻南京的最高指挥官，怎么能说后来才听说发生这种‘过失’呢？”
松井石根说：“攻打南京的当时，我正在距该城140公里的苏州卧床养病，并不知道他们违抗我的命令，竟干出这班暴行来。12月17日我到达南京后，从宪兵司令部那里第一次听到这种意外事件并严惩肇事者，因此，把全部罪责都加在日本军官和士兵头上是不公平的，我是在日本投降后才第一次听到南京惨案的。”
松井石根强调他在大屠杀时并不知情。然而，据在法庭作证的国际安全区西方人士说，他们除了对日军进行规劝以外，曾通过新闻记者向世界舆论通报日军的暴行，并将这种种暴行作成“备忘录”，通过外交途径向日军当局每天提出两次抗议。然而，日军当局从未理睬，亦不置复，依然任其部下肆虐如故。
