东京审判坚持关于刑法的基本原则。例如，东京审判中有一个“不能自证其罪”的原则（rule against self-incrimination）。这是英美法系里一条由来已久的传统原则。依照这个原则，被告有权在法庭上拒绝作任何可以使他自己陷于有罪嫌疑（即所谓“自入于罪”）的供认或发言。因此，在审讯中，他完全可以拒绝回答检方向他提出的任何问题。这是英美法系向来用以保障人权的非常重要的一项规则。美国并把这项规则列入宪法修正案中，认为它是公民的神圣不可侵犯的权利之一。
按照东京国际军事法庭《宪章》的规定，被告如聘有律师代为辩护，自己便可以不出庭辩护。这项规定，表面看来好像是限制被告的辩护权，实际上是给被告以逃避亲自直接受审的机会。狡黠的被告们便选择不出庭作证，例如土肥原贤二，他在整个审判期间就讲过一句“无罪”，其他时间都保持沉默，这样就使得法庭和检察官同他们没有任何直接的接触或交锋。就是对于那些自愿登台作证的被告们，法庭的讯问和检察官的反诘也只能限于他们在直讯中提供的主要问题，而不能对他们的全部罪行做彻底的、有系统的追究或盘问。
任何刑事被告有权拒绝答复任何可以使他自己陷于犯罪地位的问题。因此，这也就给了他在审讯中完全拒绝发言的权利。这项规则的用意原在保护被告，使他在受审时不致因为自己的无知、胆怯或疏忽，或者由于法庭和检方的威胁压迫，而作出不利于自己的招认。刑事被告既有权完全拒绝发言，那种“严刑逼供”和“屈打成招”等违反人权的现象从理论上讲当然就不会发生。
然而，“不能自证其罪”的原则，适用于普通的简单的国内刑事案件还有道理，但把它适用到像远东国际军事法庭所审理的这样复杂的国际案件，就有点不合适。因为在这样复杂的国际案件中，有些情况如果不是通过直接审问被告就不可能会弄清楚。另一方面由于国际刑事法庭严密的程序和证据规则，也不可能会发生对被告们威胁的情况。所以，“不能自证其罪”的原则，与国际刑法上的另一原则，即“迅速而公平”地进行审判的原则又是相矛盾的。这也是远东国际军事法庭的审判为什么会持久两年半的原因。它从另一方面，也说明被告的权利在东京审判中是得到充分尊重的。在这种情况下的判决书，反映了历史事实，因而也体现了公正。
1. 东京法庭关于南京大屠杀的认定
经过长达两年半的审理，东京国际军事法庭在其判决书上裁决道：
“在日军占领后最初六个星期内，南京及其附近被屠杀的平民和俘虏，总数达二十万人以上。这种估计并不夸张，这由掩埋队及其他团体所埋尸体达十五万五千人的事实就可以证明了。根据这些团体的报告说，尸体大多是被反绑着两手的。这个数字还没有将被日军所烧毁了的尸体，以及投入到长江或以其他方法处分的人们计算在内”{3}（P. 486）。
对于东京法庭的这个判决，需要细读，其中有几点尤其需要注意：
第一，远东国际法庭这个估计无疑的是慎重和保守的。它认定南京被屠杀的平民和俘虏“总数达二十万人以上”，为在审理中能够确切地被证明的被害人至少已经有20万人；法庭在这里提到的“掩埋队及其他团体所埋尸体”，精确地说，就是由红十字会掩埋的43071人以及由崇善堂收埋的112261人，这些数字是由这两个团体的负责人各自根据该团体当时的记录和档案向远东法庭郑重提出的，是经过被告在行使了反驳和反诘权后被法庭认定的。
第二，远东国际法庭在认定南京被屠杀的平民和俘虏“总数达二十万人以上”的同时，还郑重声明：“这个数字还没有将被日军所烧毁了的尸体，以及投入到长江或以其他方法处分的人们计算在内。”法庭的这一声明，是因为在审理中注意到日军灭迹伎俩的狡黠和多样化。它们在将人残酷地杀害后往往还灭迹。例如，在汉中门外被枪毙的被俘军警3千余人的尸体均被焚化；在中山码头被射杀的难民5千余人的尸体均被投入江中；在下关草鞋峡被密集扫射杀死的平民57400余人的尸体亦均被焚化，等等{4}（P. 314）。考虑到这些暴行可能已无迹可寻，或有些被发现稍迟来不及向法庭提出证据，故法庭作了一个保守的认定，即受害人“总数达二十万人以上”。
第三，尤其需要注意的是：被远东国际法庭认定被杀者为“二十万人以上”的数字，不仅未包括尸体被日军消灭了的大量被害者在内，而且这个数字仅仅是“在日军占领后六个星期内”的被杀者的数字。从南京大屠杀的背景情况来看，日军占领后的六个星期是日军的杀人高潮，但是在这六个星期以后，他们的杀人勾当并没有完全停止，只是大规模的、不分青红皂白的屠杀减少了，而个别的、零星的或小规模的屠杀却仍在经常地进行着，这一类的被屠杀者的数字并没有被包括在远东法庭所认定的那个数字之内。
如果把以上所举的种种因素考虑在内，我国参加东京审判的梅汝璈法官认为：“估计在日军占领时期，我南京无辜同胞被杀害的人数必定是在30万至40万之间。这个估计绝非主观臆测，而是符合客观实际情况的，它同远东国际法庭的估计是丝毫没有矛盾或抵触之处的。”
日军在南京大屠杀中不但杀害我数十万同胞，其所用的手段也极其的残忍。例如，日军在南京最大规模的集体屠杀是在下关草鞋峡进行的那一次。那次屠杀是在12月18日（即占领的第六天）夜间举行的。当时日军将我从南京城内逃出而被拘囚于幕府山的男女老幼共57418人，除少数已被日军饿死或打死者外，全部都以铅丝捆扎，驱集到下关草鞋峡，用机枪密集扫射，使饮弹毙命；其倒卧血泊中尚能呻吟挣扎者均遭乱刀砍戳；事后并将所有尸骸浇以煤油焚化，目的也是为了灭迹{4}（P. 306）。
