东京审判中的证明标准要达到“排除合理怀疑”程度，也就是说，检察机关要证明被告有罪，其提出的证据必须能够排除一个正常人对这些证据可能产生的任何怀疑。在审判过程中，被告人及其辩护人从事实和法律两个不同的角度，对检察官的指控进行有力的反驳，并提出和论证对被告人有利的辩护证据。检察方则必须在法庭上以法律为根据、毫无保留地出示其所掌握的全部证据。如果不这样，其所指控被告人的犯罪事实就有不被审判法庭认可的可能。换句话讲，起诉方如果不能出示具有说服力的证据，以证明被告所被指控的罪行已经清楚地具备了（不是“可能具备”也不是“不太确切地具备”）其所有的构成要件。否则，东京国际军事法庭就不能认可公诉人指控的相应的犯罪事实。
所以，反诘在凭证程序中是特别重要的。梅汝璈法官在谈到关于南京大屠杀审判情况时认为：“一个证人的证言如果不经过反诘的考验，它的证据价值是非常微弱的。假使一个证人在直讯中是信口雌黄、胡说乱道，在反诘阶段必定会被对方驳得体无完肤，弄得焦头烂额。反之，如果证人在直讯中说的都是亲历目睹、有凭有据的真实情况，那么，在反诘中他便会理直气壮、满怀信心，对对方的诘问必能从容对付，对答如流，不予对方以任何可乘之隙。正如俗话所说，‘真金不怕火炼’。在审讯南京大屠杀事件时出席法庭作证的中国人和西方人，几乎全是这一类的证人。他们的证言真实，态度坚定，在反诘中那些被告的日本和美国辩护律师虽然绞尽脑汁，千方百计地想出许许多多千奇百怪的问题向证人提出，但都经他们一一予以有力的回击，弄得那些律师们自感无趣，啼笑皆非，结果只有偃旗息鼓，知难而退。”{4}（P. 258）
所以，即便规定了如此严格的证明标准，东京国际法庭通过确凿可靠、不容置疑的证据，认定日军在南京城所实施的暴行。远东国际法庭判决书上说：“一九三七年十二月十三日早晨，当日军进入市内时，完全没有遭遇到抵抗”。“日本兵完全像一群被放纵的野蛮人似的来污辱这个城市”。“南京市像被捕获的饵食似的落到了日本人的手中；该市不像是由有组织的战斗部队所占领的；战胜的日军捕捉他们的饵食，犯下了不胜计数的暴行”。“日军单独地或二三成群地在全市游荡，任意实行杀人、强奸、抢劫和放火，当时任何纪律也没有。许多日军喝得酩酊大醉，在街上漫步，对一点也未开罪他们的中国男女和小孩毫无理由地和不分皂白地予以屠杀，终至在大街小巷都遍地横陈被杀害者的尸体”。“中国人像兔子似的被猎取着，只要看见哪个人一动就被枪杀”。“由于这种不分青红皂白的屠杀，在日方占领南京的最初两三天的工夫，至少有一万二千的非战斗员的中国男女和儿童被杀害了。”{3}（P. 484）
日军除了个别地或小规模地对我南京居民随时随地任意杀戮之外，还对我同胞，特别是解除了武装的军警人员以及他们认为是可能参加过抗日活动和适合兵役年龄的我青壮年同胞，进行过若干次大规模的“集体屠杀”，而这些屠杀又是以最残酷、最卑鄙的方法实施的。例如，在12月15日（即占领的第3天），我已放下武器的军警人员3千余名，被集体解赴汉中门外用机枪密集扫射，均饮弹殒命，其负伤未死者亦与死者尸体同样遭受焚化。又如，在同月16日（即占领第4天），于华侨招待所的男女难民5千多人被日军集体押往中山码头，双手反绑，排列成行，用机枪射杀后，弃尸江中，使随波逐流，企图灭迹{4}（P. 300）。
远东国际法庭的判决书上说：“强奸事件很多。不管是被害人或者是为了保护她的亲属，只要稍微有一点抗拒，经常便遭到杀害……在这类强奸中，还有许多变态的和淫虐狂的事例。许多妇女在强奸后被杀，还将她们的躯体加以斩断。”{3}（P. 484）
东京国际法庭还接受了无数的关于这类强奸及奸后杀戮的证据，并对此作了认定。例如，幼女丁小姑娘，经日军13名轮奸后，因不胜狂虐，厉声呼救，当即被割去小腹致死。市民姚加隆携眷避难于斩龙桥，其妻被日军奸杀后，8岁幼儿及3岁幼女因在旁哀泣，均被用枪尖挑其肛门，投入火中，活活烧死。年近古稀的老妇谢善真在东岳庙中被日军奸后用刀刺杀，并以竹竿插穿其阴户，以资取乐。民妇陶汤氏在遭日军轮奸后，又被剖腹断肢，逐块投入火中焚烧。这类不胜枚举的残酷无比的奸杀暴行，在南京被占领后差不多两个月的时光内（迟至1938年2月初旬，情况才开始好转），每天几乎都要发生几百件，乃至于上千件。因此，远东国际法庭的认定是：“在占领后的第一个月中，在南京市内发生了二万左右的强奸事件”；“全城内无论是幼年的少女或老年的妇人，多数都被奸污了”{4}（P. 309）。
东京法庭判决中具体提到了幼女丁小姑娘、姚加隆妻女、年近古稀的老妇谢善真、民妇陶汤氏等，这些认定都是根据法庭认为确凿可靠的证言而写入判决书中的。仅仅从以上这些人的遭遇就可以看出日军是怎样穷凶极恶以及我数十万呻吟于敌寇铁蹄下的南京无辜同胞的命运是何等悲惨！
东京国际军事法庭这些事实的认定都是根据可靠的证言写入判决书中的。以上日军暴行的中国受害者有名有姓，完全确凿可靠。参加东京审判的中国梅汝璈法官认为，“东京法庭的这个认定和数字估计完全是根据曾经向法庭提出过的那些确凿证据而慎重地作出的，绝对没有夸大。其实，当时的实际情况还要比这坏得多。”{4}（P. 310）
四、法庭对受害者的认定与对罪犯的惩治
远东国际军事法庭在全部审讯过程中接受采纳的诉讼双方所提供的作证文件共为4336件，其中检察方面提供的是2734件，辩护方面提供的是1602件{4}（P. 262）。
所有检察方面传唤出庭的证人不但都曾亲自出庭并作口头的或书面陈述，而且根据规则都得经过对方的反诘，有的还经过了再直讯和再反诘的考验。最后，他们的证言被法庭采纳为证据，就只有一个理由，那就是他们的证言可信，没有任何问题。
