东京国际军事法庭的审讯程序对被告辩护方面作了保障性的规定。为了使审讯公平合理，被告的辩护权利得到尊重。该法庭《宪章》规定每一被告有权自行选任其辩护人。事实上，它虽规定每一被告“有权自行选任其辩护人”，但却没有关于每一被告在拥有多少个辩护人方面的限制性规定。结果在实践中，东京国际法庭的每一被告都拥有美国辩护律师至少一名，而日本律师的名额则更漫无限制，有的被告如岛田繁太郎的辩护律师竟达8名之多，一般被告每人也有5名或5名以上{4}（P. 273）。
前南京政府国防部次长秦德纯出庭作证时，他在直讯阶段的书面证言宣读不过一、二小时，而在反诘阶段中辩护律师们向他提问题竟花了4天多。又如，伪满皇帝溥仪出庭作证的时间总共是8天，但直讯阶段的时间是半天，而被告律师们轮流反诘的时间则占了7天半{4}（P. 254）。
所以，从东京审判的实践来看，被告的辩护权得到充分的保障。东京国际法庭对被告“过分宽大”，它对被告传唤的证人名单没有进行过严格认真的审查。从法庭程序上来看，邀请什么人出庭作证主要是由诉讼双方自行决定的事。但是按照远东国际军事法庭《宪章》第9条（戊）项的规定，在核准证人名单时，法庭应该命令当事人除指明证人所在地址外同时说明需要他出庭证明之事实以及经等事实与本案审讯的关系。法庭如果在这些方面有所不满，就有权拒绝传唤某些证人。但事实上，东京国际法庭并没有这样做。它对诉讼当事人申请传唤证人一事几乎是采取“有求必应”、“来者不拒”的态度，很少进行过严格认真的审查。因此，在审讯过程中，证人川流不息出庭作证。检察方面所提供的所谓“检察证人”有109名，而被告方面所提供的“辩护证人”竟有310名。从数量上看，远东国际军事法庭接受出庭的“辩护证人”的数目几乎等于“检察证人”的3倍。
从东京国际法庭的诉讼程序上看，虽然起诉方和被告方都有“质询”的权利，但因为举证上的规定，对检察方的要求就更严格。
在东京法庭的案子审理中，举证责任完全由公诉人（检察方）承担。由于法庭适用的是普通法系的规则，所以被告被定有罪的标准规定得非常高，即检察、起诉的证明必须达到“排除任何合理怀疑”（be yond any reasonable doubt）的程度。
具体解释就是：根据无罪推定的原则，由于被告被证明有罪之前是被假定无罪的。所以检察官必须出示足够的证据以证明被告有罪。在国际刑事法庭，证明的标准很高，如前所述，要达到“超越了任何合理怀疑”的程度。证据是否足够，就看这些证据（包括证人的证词和实物证据）所证明的程度是否已经“超越了任何合理怀疑”。所谓超越任何合理怀疑，就是说，如果一个正常而不带偏见的人在听完了检察官方面的所有证人的作证，看完了检察官方面出示的所有实物证据后，如果对被告是否就是罪犯这点上不存在任何的“合理怀疑”，那么被告就可被判有罪。
“超越了任何合理怀疑”的概念，来源于普通法系国家的司法制度。这是一个非常高的证明标准。在普通法系国家的法律制度中，证明一般分三个层次。最低程度的证明叫做“合理性证明”（reasonable basis）。意思是说，当一个正常的人把所有的证据不带偏见地审查一遍，如果他认为从向法庭展示的证据来看，被告“很可能”（a significant possibility）犯有其被指控的违法行为，那么这个证明就是成功的。也就是说，只要证据的天平往一边倾斜，重的一边就算是完成了证明。这种证明大多用于民事案件。
中间程度的证明叫做“明确、可信证明”（probable cause）。这一级的要求比合理性证明要高。但到底要高出多少，才算是明确、可信，这也是一个无法解答的问题。但不管怎么样，它也算是给了裁判者一个比较大的尺度。一般在欺诈等民事案件证明中，要求必须达到这一证明程度。
最高程度的证明就是“超越合理怀疑”。超越合理怀疑是从反面看问题，着眼点不是证明者证明了多少，而是他还有多少没有证明，而如果这些没有证明的地方构成了合理怀疑（reasonable doubt），那么证明就算失败。
2. 东京法庭的定罪标准
在东京审判中，东京法庭定罪的证明应当达到以下几个方面的要求：
（1）据以定案的证据具有关联性，即对案件真实具有证明作用，不具有关联性的证据不能作为定案的依据，如被告人的前科、相似事件、品格等，不能作为证据使用；
（2）据以定案的证据必须是控、辩双方在法庭上出示的证据，并且其真实性、可靠性得到控辩双方交叉提问、质证的证实；
（3）对控、辩双方存在争议的证据，提出证据的一方需提供进一步证实其真实、可靠性的补充证据，特别是对非原件的文书证据和传闻证据；
（4）据以定案的证据必须是合法取得的，并且以法定的证据形式表现的，如果对证据的合法性存在争议，提出的一方对证据的合法性承担举证责任；
（5）根据控辩双方已提出的证据，可以肯定犯罪是本案被告人所为，排除任何其他的可能性，也就是对被告人实施了犯罪行为排除了合理的怀疑；
（6）当承担举证责任的一方（控方，即公诉人和自诉人）不承担举证责任、无法举证或举证达不到法律规定的证明要求时，法院应当做出证据不足、指控的犯罪不能成立的无罪判决。
超越合理怀疑本是普通法系国家国内刑法上的证明标准，本来就很高。但由于国际刑事法庭要严格适用国际标准，所以在国际刑事法庭对检察官提出的证明标准实际上是更为严格。在每一个案审中，检察官方面必须确实要证明到“超越合理怀疑”的程度，才能定被告人有罪。而在被告方面，根据“一切被告在被证明有罪之前为无罪”的原则，则不需要证明任何东西。在理论上被告方面可以坐在法庭上什么也不做，让检察官方面传讯完了证人以后，直接等待法官决定检察官是否已证明到“超越合理怀疑”的程度。由于对检察官有这么一个要求，所以当被告律师传讯证人时，他并不是要努力证明什么，而主要是是想通过证人和证词，在检察方陈述的案情中找出一些漏洞，目的是在法官的脑子里留下一些“合理的怀疑”。如果被告律师能做到这一点，就可以指望国际刑事法庭判定被告无罪。
