与东京法庭的法官相对应，在盟军最高统帅部之下设立了国际检察处。作为一个起诉机关，它由11国各派1名检察官组成，在审判中作为原告代表11个国家。由于起诉机关负责对甲级战犯控诉，权限非常大，所以，首席检察官由美国人季楠担任。由于检察起诉工作的独立性，法官与检察官各自独立，彼此地位平等但又不同。东京审判的国际检察处实行的是首长负责制，其他国家的检察官只是处于顾问或助手的地位。
与东京审判中的法官或检察处人员比较精干相比，法庭审理中的辩护机构十分庞大，人员众多，这也是东京审判与纽伦堡审判的一个重要区别。东京审判中的每个被告不仅拥有2至6名不等的日本律师，而且还有美国律师（共20多名）的帮助，整个辩护队伍达到了310人{4}（P. 273）。
在东京审判中，检察官逐个传讯检察方的证人，逐一出示实物证据，以证明被告确为罪犯。在东京审判就南京屠杀第一个作证的，是当时在南京大学医院工作的美籍医生罗伯特. 威尔逊。他毕业于普林斯顿大学和哈佛大学，医术高超，心地善良。在许多中外同事逃离南京避难的时候，威尔逊留了下来。他目击了日本人在南京的血腥屠杀。就在他的医院里，不断有被日本兵刺伤、砍伤、烧伤和强奸或者死里逃生的人被送来，这个拥有180张床位的医院始终爆满，从1937年12月13日开始，在六、七个星期里日本军队一直在屠杀中国人{5}（P. 64）。
为了证实日军在南京的暴行，远东国际军事法庭曾经邀请过3个死里逃生的中国证人出现在法庭上，他们是南京居民尚德义、伍长德、陈福宝{5}（P. 64-65）。
尚德义是个难民，1937年12月6日和哥哥尚德仁、堂兄尚德全一起被抓，被带到长江边上的下关，与其他1000人被机关枪扫射，死里逃生。
伍长德于1937年12月15日被侵华日军从南京难民区抓走，和其余的2000多名难民一同被带到汉西门外。日本军人用四挺重机枪向手无寸铁的难民扫射，伍长德在枪响之前倒地，幸免一死，但接着又被侵华日军的刽子手刺刀乱捅，煤油焚烧，伍长德疼得滚入护城河，侥幸逃脱。伍长德是在大屠杀中身上被日军浇上了煤油而未被焚烧致死的唯一的一个幸存者，他那使人惊心动魄的证言给审判留下了不可磨灭的印象。
还有一个叫陈福宝的难民，在侵华日军进城的第二天从避难地区被抓走。当时，在南京，日本士兵只要看到戴帽子、手上有茧子的人就会立刻枪毙，其中大部分是平民。两天以后，他再次被抓，日本兵让他们摔跤，输了的就会被刺刀捅死。
以上这些幸存者在法庭上的证词惊心动魄，给所有在场的人留下了不可磨灭的印象。尚德义与伍长德、陈福宝的证言在经过被告方的质询之后被远东国际军事法庭所接受，认为他们的悲惨经历反映了当时日本军队野蛮的行径。
在远东国际军事法庭审判期间，中国检察官向哲浚向东京法庭提供了包括中国和美国人在内的13人宣誓作证词。曾经到南京等地实地调查的美军上校托马斯·莫罗检察官向法庭提供了约翰·马基神父拍摄的有关“南京大屠杀”的影片，共8件证据确凿的宣誓证词。这是远东国际军事法庭得到的一份十分珍贵的影像资料，在法庭上，这段影像资料被检察方面作为物证当庭放映。
这是由一部16毫米老式电影摄影机拍摄下来的历史胶片，画面记录的是侵华日军进入南京进行大屠杀的影像资料。拍摄这些画面的人，是美国牧师约翰·马基。他于1937年12月侵华日军攻陷南京时，担任国际红十字南京委员会主席，亲眼目睹了侵华日军烧杀淫掠的血腥场面，冒着生命危险用摄影机拍摄了长达105分钟的真实史料。
约翰·马基在东京审判作证时说“他们（日军）采用各种各样的途径进行屠杀，通常由个别日本兵进行，但很快就出现了大规模的屠杀，有数百人是刺刀捅死的，有个妇女诉说日本兵将她的丈夫捆缚后，就在她的眼前扔到水池里而被淹死的，她什么也做不了，他就在她的眼前被淹死。”约翰·马基神父的作证和他出示的胶片资料让远东国际军事法庭上的所有人感到惊愕不已{5}（P. 66-67）。
东京法庭在审理“南京大屠杀”事迹时，还接受了一个非常特别的作证文件，那就是纳粹德国驻南京大使馆拍发给德国外交部的一封秘密电报。由于这封电报是德国投降后盟军搜查德国外交部机密档案库时发现的，而且它来自法西斯阵营内部，是与日本结盟国家所提供的，所以远东国际军事法庭的所有法官都非常重视这份电报。该电报在概括地描述了侵华日军在南京杀人如麻以及强奸、放火、抢劫的普遍情况说：“犯罪的不是这个日本人，或者那个日本人，而是整个的日本皇军。它是一副正在开动的野兽机器。”{3}（P. 485）正是这部“野兽机器”将中国南京变成了人间地狱。
三、被告的反驳权利与检察官的举证责任
以上东京国际法庭对日军在南京的残酷暴行的认定，不仅是因为证据本身确凿可靠，而且它还是在被告行使了他们的反驳权利后被认定的。
在东京法庭的庭审中，被告有反驳的权利。每当检察方传询完所有的证人，并在直询中出示了所有的证据以后，就转到被告一方传询自己的证人，出示自己的证据，这一刑诉程序称为“被告的反驳”。被告的反驳程序与检察方的传证一样，也是一个一个的传证人，一件一件地出示证据。
1. 被告质询的权利
在东京国际审判中，当事者还有质询的权利。所谓质询（cross-examination），就是在某一证人作证完毕以后，由对立一方的律师问话。需要首先强调的一点是，之所以会有质询是因为国际刑事法庭的审判程序与普通法系国家的一样，检察官和被告双方在案子的审理中各有各的证人，分得清清楚楚。检察方和被告双方的证人，是双方根据自己的调查结果和案情分析确定的。不言而喻，检察方的证人所作的证词，都是要证明被告有罪的；被告方的证人所作的证词，自然都是要证明被告是无罪的。在东京审判中作这样一条规定，其根本目的是保证审判的公平。它认为通过质询，证人的有意编造和无意的误述都可以有效的暴露，从而有利于弄清事实的真相。
