定罪证据必须经法庭审查，作为证据的物证也必须在庭上出示。法庭在规则和实践中强调，一切定罪证据均应经过法庭出示、审查。只有被法庭认可、采纳的证据才能作为对被告人定罪的依据。在程序上，东京审判对每个证据的认定都经过主讯（examination-in-chief）、反诘（cross-examination）和再主讯（re-examination）。
实质意义的控、辩平等，就是指调查和起诉阶段中的平等。其具体要求是：
（1）检察机关行使追诉权也要尊重法律上保障人权的规定，并负有维护嫌疑人、被告人权益和保障司法公正的义务；
（2）嫌疑人或被告人享有以辩护权为核心的一系列诉讼权利，尤其包括判决前随时得到律师帮助的权利，在诉讼中享有与检察官平等的提证权、问证权。
（3）法官在庭审中对控、辩双方的意见和证据材料应予平等的重视，对各方的利益予以同等尊重和关注。
除了控、辨双方平等以外，作为国家或国际社会刑事追诉者的检察官，在刑事诉讼中还负有一项特殊的义务，即它要始终承担证明被告人有罪的责任，并要达到最高的证明标准。换句话说，控诉方承担证明嫌疑人、被告人有罪的责任。从法律上讲，证明责任由控诉方承担的直接依据在于他必须推翻无罪推定的假定，被告人是没有为自己申辩无罪的责任。这是一个问题的两个方面：一方面控诉方提出指控的目的在于推翻嫌疑人、被告人被推定无罪的原始地位，因而必须承担证明嫌疑人，被告人有罪的责任；另一方面任何人都不大容易或不大可能提出证据来证明自己无罪，更何况处于受追诉地位的嫌疑人、被告人。
所以处于弱势地位的被告人，在诉讼中无需承担证明自己无罪的责任，对自己诉讼主张的证明，只需达到较低的证明标准；对于可能使自己陷人刑事控罪之中的事项，被告人拥有拒绝陈述的权利等等。这样，作为强者的检察官与作为弱者的被告人，经过法律程序的矫正，就大体上在对抗手段、对抗能力和对抗机会方面拥有平等的地位。
证明责任是指控诉方承担的证明嫌疑人、被告人构成犯罪所必需的全部事实或基本事实的责任，具体内容包括：
（1）控诉方应向法庭出示据以指控的所有证据材料，如书证、物证、鉴定结论、视听资料等并证明证据的合法性。
（2）控诉方应向法庭陈述被告人的犯罪事实，并运用足够的证据进行充分论证，达到足以推翻被告人无罪的推定。
（3）对被告人提出的辩护理由，控诉方“有责任来驳斥它，而不是被告方有责任来证明它。”
关于指控犯罪成立的证明责任是不能转移的。所以在整个审理过程中，由检察起诉方承担证明被告有罪的责任和义务。
2. 控辩双方诉讼平等原则
东京审判遵循的诉讼平等原则。也就是说，控辩双方当事人在东京审判中的法律地位完全平等，不存在一方地位高于他方的情形。从诉讼结构的角度来看，普通法系国家刑事诉讼中的控、辩双方与审判官的距离相等，呈等腰三角形的外观。其中审判官处于等腰三角形的顶点，居中立的裁决地位，控辩双方由分别排在等腰三角形底边与两腰的交点之上，呈对抗的姿态。在法官眼中，即便是代表社会利益的公诉人（检察官），也和被告人一样，是当事人之一，两者地位平等。双方的差异只是在于对案件事实和法律适用的主张不一致。所以在前南国际刑庭的组成结构上，检察长办公室是一个独立的机构。但在法庭审理的过程中，它又是一个当事者，作为控方而享有与辩方同等的诉讼权利。
远东国际军事法庭的这种审判方式被称之为对抗式审判。在现代国际社会中主要存在着两种不同的刑事审判类型，即对抗式审判（adversarial）和讯问式审判（inquisitorial）。前者适用于英美法系国家，后者则主要为大陆法系国家所实行。前南刑庭的审判方式，基本上是普通法系国家的对抗式的方式，但同时又融合了大陆法系讯问式的色彩。
对抗式审判（又称辩论式审判）主要是基于相对哲学和公平竞争的理念。依据这一哲理，刑事案件的事实真相，应当由那些与案件结局有着切身利害关系的诉讼双方从有利于自己的角度通过对抗而得以揭示，法庭审判也应当以诉讼双方的对抗性活动为主线而进行。公平竞争则意味着起诉方和被告方应当站在相同的基点上，平等地展开诉讼攻击与诉讼防御活动。
与平等诉讼原则相联系的还有“无罪推定”原则。根据这一原则，任何人在被确定为有罪前，都应视为无罪的人来对待，所以被告在整个审理过程中享有与之相适应与起诉检察机构相同的诉讼权利。检察起诉方与被告方具有平等对抗的机会和权力。
无罪推定原则假定被告在最后被定有罪之前是无罪，因而是一种带有明显保护性的法律假定原则。无罪推定事实上为控辩双方的对抗提供了一种抑强护弱的制度保障。刑事诉讼一启动便出现控诉方和嫌疑人、被告人直接对立的局面。相比较而言，拥有强大国际社会支持的检察起诉方显得实力强大；追诉权面前的嫌疑人、被告人则处于弱势状态。在这种情况下，如果不能保证控辩双方在程序上的平等，就会导致辩护职能的弱化，从而使诉讼职能出现失衡而不利于司法诉讼的公正解决。从这意义上讲，控辩职能的平等是推动诉讼程序公正运作的保障。
根据控、辩双方之间平等的原则，控辩方在法庭审理阶段都有权传唤证人提出证据。顺序是控方提出证据，辩方提出证据，控方反驳证据，辩方再反驳证据。当然在这个过程中，法庭自己也可以提出补充证据，或传唤证人。
3. 关于南京大屠杀的证人证言
南京大屠杀是第二次世界大战中非常突出的事件，所以东京审判非常重视。1946年9月，为了弄清“南京大屠杀”事件真相，远东国际军事法庭设立了一个独立的单元来进行法庭调查和审判。据梅汝璈法官的回忆，法庭用了差不多3个星期专门听取来自中国、亲历目睹此事件的中外证人（人数在10名以上）的口头证言及检察和被告律师双方的对质辩难，接受了一百件以上的书面证词和有关文件。远东国际军事法庭的审讯，真实地记录了日寇在南京的暴行。这些暴行是“现代战史上破天荒之残暴记录”。[1]
