但是，最关键的问题在于，证券登记结算机构作出的无纸化证券所有权证明是否具有最高、最终的法律效力？《证券法》没有给出明确的回答。
3. 监管规则及业务规则
现行《证券法》第179条第1款明确授权国务院证券监督管理机构依法制定有关证券市场监督管理的规章、规则，因此我国证监会发布的监管规则是具有法律效力的。证监会发布的《证券交易所管理办法》(2001) ，出现了一则令人惊喜的法律条文。该《管理办法》第73条明确规定：“在无纸化发行和交易的条件下，证券登记结算机构提供的证券持有人名册是证明证券持有人权益的有效凭证。”
如果这就是追寻的终点，无纸化证券所有权的证明问题将有一个确定无疑的答案。但事实并非如此。该《管理办法》第68条规定证券登记结算机构在其职能范围内制定和修改的业务规则报证监会批准后生效。这意味着，通过法律法规的层层授权，证券登记结算机构发布的业务规则也是具有法律效力的。
相关业务规则为中国结算公司《证券账户管理规则》(2002) 。根据该文件第1. 4条和第3. 14条，投资者所持有的证券账户可以证明其对账户中登记的证券享有权利，这种权利就是我们前面已经界定的，直接持有体制下的证券所有权。
至此，我们可以肯认，对于无纸化证券的所有权，证券持有人名册与证券账户都具有明确的证明效力。
4. 最高人民法院司法解释
最高人民法院于2003年11月3日发布《关于审理公司纠纷案件若干问题的规定(一) 》(征求意见稿) ，以较为务实的方式对有限责任公司、股份有限公司及上市公司股权证明问题加以规定。该文件第14条提及诉讼主体确认股权需证明的事实包括该主体已为公司章程或者公司股东名册记载为公司股东。第16条则规定，通过证券交易市场购买上市公司股份者可以股票交易记录证明其股东身份。作为具有最高权威的司法机关，最高人民法院发布的司法解释当然具有重要意义，但此征求意见稿的法律效力尚未确定，所以在此仅作为参考性文件提出，不过该文件对于证券交易诉讼显然具有毋庸置疑的指导意义。
承上，在明确的法律文件的支持下，有三种具体凭证具有证明(无纸化)证券权利的效力，即证券持有人名册、证券账户、股票交易记录，三者具有内在关联。以证券持有人名册来证明证券权利，是传统公司法在记名证券权利证明方面的规则。美国UCC重述也肯认，在受益人登记体系(即本文所界定的证券直接持有体系)中，证券权利通过发行人或其过户代理人的登记簿记载加以证明。
但是，如果以证券持有人名册来证明无纸化证券权利，可能会带来举证成本高的问题。一方面，证券持有人要花费成本与证券发行人或其代理人取得联系，从而能够提交证券持有人名册进行举证，这在实践中是相当困难的，尤其是在要求以证券持有人名册原件进行举证的情况下：另一方面，证券发行人也会不胜其扰，在其数以万计甚至更多的证券持有人中，但凡发生涉及证券所有权的纠纷或讼事，证券发行人都必须配合证券持有人的举证要求，而在满足此类要求的同时，证券发行人的正常工作比如股东大会的召开等等极有可能遇到不便。
