中美三个知识产权协议的达成并没有解决双方在该领域的冲突。美国此后依然频繁利用“特别301条款”和贸易制裁等方式对中国进行施压，而中国在知识产权的有效实施上也仍然有一段漫长的路要走。

　　2. 入世后中美在知识产权保护和实施问题上的冲突

　　自中美三个知识产权协议签订以来，美国在要求中国加强知识产权执法、大量减少知识产权侵权行为等方面保持高压态势。一方面，美国肯定了中国在知识产权立法方面的成就，美国贸易代表认为，在大多数领域里，中国的法律和实施规则的框架让人高度满意；另一方面，美国认为，虽然中国政府在入世后努力使其知识产权保护与其承担的WTO义务相一致，但是，中国知识产权的有效实施仍没有实现，知识产权侵权在中国仍是一个严重的问题。为了迫使中国在知识产权实施上满足其要求，美国一方面通过中美商贸联委会（JCCT）等途径寻求与中方磋商，另一方面则通过“特殊301条款”、贸易制裁等单边措施及向WTO争端解决机构提出申诉等方式向中国施压。面对美国的步步紧逼，中国采取了加强知识产权执法工作、开展一系列“行动计划”、加入WIPO《网络版权公约》等国际条约、要求电脑厂商预装正版系统软件等措施，并承诺提高美国企业的市场准入、提高透明度等。中国政府的这些执行措施和承诺并没能满足美国的要求，2007年4月10日，美国向DSB主席递交请求，要求与中国就刑事立案门槛和海关处理侵权商品等问题进行磋商；8月13日，美国请求成立专家组；9月25日，专家组成立，中美知识产权冲突正式进入专家组审理阶段。

　　从内容来看，中国入世后美国对中国知识产权实施问题的批评主要集中在：

　　1）中国的侵权现象仍然十分严重。美国认为，虽然中国在过去几年里在知识产权执法上表现出更大的主动性，但是，中国本国市场及出口商品的侵权活动仍然十分猖獗。美国贸易代表在2007年给国会的报告中指出，中国出版业在2006年的侵权水平保持在85%至93%之间，这表明与2005年相比并没有明显的进步；其在《2007年特别301报告》中也指出，在2006年，中国的盗版和冒牌情况仍然保持在令人难以接受的水平上。美国业界则认为，薄弱的知识产权保护仍然是在中国从事商业活动的最大障碍之一。另外，美国贸易代表认为，小规模零售商店仍然是侵权电影和音乐以及一系列其它冒牌商品的重要商业渠道，网络侵权也呈增长趋势。

　　2）刑事救济和行政执法问题。美国认为，中国刑法对知识产权侵权启动刑事处罚的门槛设置过高，这既给知识产权侵权行为提供刑事避风港，不利于知识产权的有效实施，也可能与《TRIPs协议》的规定不符。特别是在版权侵权的刑事救济方面，对于外国公司来说几乎是不可能的。美国敦促中国应该采取更为主动的措施起诉冒牌商品生产商、盗版光碟制造商以及涉及商业生产盗版书籍、杂志和期刊的实体。行政执法方面，美国认为中国的行政执法还不够透明，海关对侵权商品的处理也有违《TRIPs协议》的规定。